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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rog | ||||||
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タイトル | Sequence and structure of a self-assembled 3-D DNA crystal: D(GGACACGTGGGAG) | ||||||
要素 | D(GGACACGTGGGAG) | ||||||
キーワード | DNA / Self-assembling 3D DNA crystal | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Saoji, M.M. / Paukstelis, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2015 タイトル: Probing the role of sequence in the assembly of three-dimensional DNA crystals. 著者: Saoji, M. / Zhang, D. / Paukstelis, P.J. #1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of a continuous three-dimensional DNA lattice. 著者: Paukstelis, P.J. / Nowakowski, J. / Birktoft, J.J. / Seeman, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rog.cif.gz | 23 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rog.ent.gz | 16 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rog_validation.pdf.gz | 367.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rog_full_validation.pdf.gz | 367.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rog_validation.xml.gz | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rog_validation.cif.gz | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/4rog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/4rog | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rnkC 4ro4C 4ro7C 4ro8C 4rokC 4ronC 4rooC 4royC 4rozC 4rp0C 4rp1C 4rp2C 1p1yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4081.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA molecule synthesized on a DNA synthesizer. |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 120mM Magnesium Formate, 50mM Lithium Chloride, 10% MPD, pH none, EVAPORATION, temperature 298K PH範囲: none |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→29 Å / Num. obs: 2578 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.2 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 321 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1p1y 解像度: 2.08→20.744 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 17.477 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→20.744 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.084→2.137 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.118 Å / Origin y: -14.656 Å / Origin z: -12.099 Å
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