+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ro4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Sequence and structure of a self-assembled 3-D DNA crystal: D(GGAAACGTTGGAG) | ||||||
![]() | D(GGAAACGTTGGAG) | ||||||
![]() | DNA / Self-assembling 3D DNA crystal | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saoji, M.M. / Paukstelis, P.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the role of sequence in the assembly of three-dimensional DNA crystals. 著者: Saoji, M. / Zhang, D. / Paukstelis, P.J. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of a continuous three-dimensional DNA lattice. 著者: Paukstelis, P.J. / Nowakowski, J. / Birktoft, J.J. / Seeman, N.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 16.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 372.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4rnkC ![]() 4ro7C ![]() 4ro8C ![]() 4rogC ![]() 4rokC ![]() 4ronC ![]() 4rooC ![]() 4royC ![]() 4rozC ![]() 4rp0C ![]() 4rp1C ![]() 4rp2C ![]() 1p1yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Synthetic DNA molecule that self-assembles into 3D DNA crystals. |
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4080.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Artificial DNA molecule synthesized using a DNA synthesizer. |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 120mM Magnesium Formate, 50mM Lithium Chloride, 10% MPD, pH none, EVAPORATION, temperature 298K PH範囲: none |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→34.99 Å / Num. obs: 3261 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 483 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P1Y 解像度: 2.04→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 18.584 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.923 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→34.99 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.041→2.094 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.036 Å / Origin y: -14.769 Å / Origin z: -11.949 Å
|