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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rne
タイトルStructural variations and solvent structure of UGGGGU quadruplexes stabilized by Sr2+ ions
要素RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA / RNA quadruplexes / parallel-stranded
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.01 Å
データ登録者Fyfe, A.C. / Dunten, P.W. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Variations and Solvent Structure of r(UGGGGU) Quadruplexes Stabilized by Sr(2+) Ions.
著者: Fyfe, A.C. / Dunten, P.W. / Martick, M.M. / Scott, W.G.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
H: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,61227
ポリマ－15,5868
非ポリマー1,02619
水4,179232
1
A: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,42926
ポリマ－15,5868
非ポリマー84318
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area8500 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area4080 Å2
手法PISA
2
E: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
H: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

E: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
H: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,79428
ポリマ－15,5868
非ポリマー1,20920
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area4210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.656, 54.197, 95.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-601-

SR

21E-602-

SR

31F-701-

NA

41G-801-

SR

51G-802-

SR

61D-9521-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3')


分子量: 1948.197 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA UGGGGU quadruplexes / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MgCl2 20mM, SrCl2 80mM, CaCl2 40mM, SPM 4Cl 12mM, Sodium cacodylate 20mM, 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01→95.68 Å / Num. all: 51294 / Num. obs: 51294 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.01→1.06 Å / Num. unique all: 7088 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.01→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.985 / SU B: 0.578 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11916 2606 5.1 %RANDOM
Rwork0.10185 ---
obs0.10275 48629 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.01→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1032 19 232 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0111215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.2471894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.74731016
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0430.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4631214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3041192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7591863
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.0412339
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.322149
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.44931032
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.249624
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.25261157
LS精密化 シェル解像度: 1.01→1.036 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 169 -
Rwork0.291 3256 -
obs--90.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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