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万見
- PDB-4rmp: Crystal structure of allophycocyanin from marine cyanobacterium P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rmp
タイトルCrystal structure of allophycocyanin from marine cyanobacterium Phormidium sp. A09DM
要素(Allophycocyanin) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycocyanobilin chromophore / Globin-like fold (SCOP / 46457) / Light harvesting Phycobiliprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Allophycocyanin / Allophycocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Phormidium rubidum A09DM (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Kumar, V. / Gupta, G.D. / Sonani, R.R. / Madamwar, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Allophycocyanin from Marine Cyanobacterium Phormidium sp. A09DM.
著者: Sonani, R.R. / Gupta, G.D. / Madamwar, D. / Kumar, V.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1094
ポリマ－34,9322
非ポリマー1,1772
水3,225179
1
A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,32712
ポリマ－104,7956
非ポリマー3,5326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area20570 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area39330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.242, 101.242, 193.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE EACH A AND B-CHAINS WHICH FORM A HETERODIMER (KNOWN AS ALPHA/BETA MONOMER). THREE ALPHA/BETA MONOMERS FORM A BIOLOGICAL UNIT. THE HEXAMER (TRIMER of ALPHA/BETA MONOMERS) IS GENERATED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY

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要素

#1: タンパク質 Allophycocyanin


分子量: 17492.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Marine cyanobacterium isolated from rocky shores of Gujarat
由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A078K1U6
#2: タンパク質 Allophycocyanin


分子量: 17438.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Marine cyanobacterium isolated from rocky shores of Gujarat
由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A078K4M9
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NATURAL VARIANTS OF THE UNP REFERENCE, AS CONFIRMED BY NUCLEOTIDE SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1M bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月17日 / 詳細: HELIOS Cu X-RAY OPTICS
放射モノクロメーター: HELIOS Cu X-RAY OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.506→35 Å / Num. all: 13362 / Num. obs: 13362 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 41.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.506→2.64 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1903 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KN1

1kn1


解像度: 2.506→29.226 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The covalent bonds between S atoms of Cys-81 and the chromophore (CYC) were restrained to a distance of 1.8A for both A and B chains
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 680 5.09 %Random
Rwork0.1581 ---
obs0.1617 13362 99.87 %-
all-13362 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.266 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.506→29.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2435 0 86 179 2700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6483495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.204950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005451
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.506-2.69950.29261420.199624782478
2.6995-2.97090.29851310.200425192519
2.9709-3.40030.30061320.186125132513
3.4003-4.28180.1961310.141125462546
4.2818-29.2280.171440.127626262626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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