PDB-4rmo: Crystal Structure of the CptIN Type III Toxin-Antitoxin System fr...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4rmo

タイトル

Crystal Structure of the CptIN Type III Toxin-Antitoxin System from Eubacterium rectale

要素

CptN Toxin
RNA (45-MER)

キーワード

Toxin/RNA / protein-RNA complex / pseudoknot / RNA twist / toxin-antitoxin / type III / bacteriophage resistance / Toxin-RNA complex

機能・相同性

Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #130 / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rao, F. / Voss, J.E. / Short, F.L. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Co-evolution of quaternary organization and novel RNA tertiary interactions revealed in the crystal structure of a bacterial protein-RNA toxin-antitoxin system.
著者: Rao, F. / Short, F.L. / Voss, J.E. / Blower, T.R. / Orme, A.L. / Whittaker, T.E. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.

履歴

登録	2014年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rmo.cif.gz	504.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rmo.ent.gz	405.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rmo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rmo_validation.pdf.gz	580 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rmo_full_validation.pdf.gz	632.4 KB	表示
XML形式データ	4rmo_validation.xml.gz	91.9 KB	表示
CIF形式データ	4rmo_validation.cif.gz	122.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rmo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6cvp-d 3hym-8 4f0i-d 4rks-d 5ejv-d 1fq7-2 2gru-d 3sno-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CptN Toxin

B: RNA (45-MER)

C: CptN Toxin

D: RNA (45-MER)

E: CptN Toxin

F: RNA (45-MER)

G: CptN Toxin

H: RNA (45-MER)

I: CptN Toxin

J: RNA (45-MER)

K: CptN Toxin

L: RNA (45-MER)

M: CptN Toxin

N: RNA (45-MER)

O: CptN Toxin

P: RNA (45-MER)

ヘテロ分子

268 kDa, 16 ポリマー
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1

A: CptN Toxin

B: RNA (45-MER)

E: CptN Toxin

F: RNA (45-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.9 kDa, 4 ポリマー
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2

C: CptN Toxin

D: RNA (45-MER)

G: CptN Toxin

H: RNA (45-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 4 ポリマー
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3

I: CptN Toxin

J: RNA (45-MER)

K: CptN Toxin

L: RNA (45-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 4 ポリマー
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4

M: CptN Toxin

N: RNA (45-MER)

O: CptN Toxin

P: RNA (45-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.110, 185.891, 138.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	1	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
1	2	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	2	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
1	3	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	3	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
1	4	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	4	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
1	5	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	5	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
1	6	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	6	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	7	MSE	MSE	GLN	GLN	A	A	1 - 155	1 - 155
2	7	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	8	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	8	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
1	9	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	9	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
1	10	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	10	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
1	11	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	11	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
1	12	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	12	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
1	13	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	13	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	14	A	A	A23	A23	B	B	1 - 45	1 - 45
2	14	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	15	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	15	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
1	16	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	16	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
1	17	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	17	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
1	18	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	18	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
1	19	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	19	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	20	MSE	MSE	GLN	GLN	C	C	1 - 155	1 - 155
2	20	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	21	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	21	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
1	22	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	22	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
1	23	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	23	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
1	24	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	24	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
1	25	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	25	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	26	A	A	A23	A23	D	D	1 - 45	1 - 45
2	26	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	27	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
2	27	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
1	28	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
2	28	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
1	29	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
2	29	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
1	30	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
2	30	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	31	MSE	MSE	GLN	GLN	E	E	1 - 155	1 - 155
2	31	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	32	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
2	32	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
1	33	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
2	33	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
1	34	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
2	34	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
1	35	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
2	35	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	36	A	A	A23	A23	F	F	1 - 45	1 - 45
2	36	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	37	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
2	37	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
1	38	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
2	38	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
1	39	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
2	39	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	40	MSE	MSE	GLN	GLN	G	G	1 - 155	1 - 155
2	40	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	41	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
2	41	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
1	42	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
2	42	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
1	43	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
2	43	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	44	A	A	A23	A23	H	H	1 - 45	1 - 45
2	44	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	45	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
2	45	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
1	46	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
2	46	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	47	MSE	MSE	GLN	GLN	I	I	1 - 155	1 - 155
2	47	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	48	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
2	48	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
1	49	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
2	49	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	50	A	A	A23	A23	J	J	1 - 45	1 - 45
2	50	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	51	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
2	51	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
1	52	MSE	MSE	GLN	GLN	K	K	1 - 155	1 - 155
2	52	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	53	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
2	53	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
1	54	A	A	A23	A23	L	L	1 - 45	1 - 45
2	54	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45
1	55	MSE	MSE	GLN	GLN	M	M	1 - 155	1 - 155
2	55	MSE	MSE	GLN	GLN	O	O	1 - 155	1 - 155
1	56	A	A	A23	A23	N	N	1 - 45	1 - 45
2	56	A	A	A23	A23	P	P	1 - 45	1 - 45

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	CptN Toxin 分子量: 18696.795 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア) 株: DSM 17629 / 遺伝子: cptN, EUR_02830 / プラスミド: pTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: D6E269
#2: RNA鎖	RNA (45-MER) 分子量: 14556.560 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.06	59.76
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: CaCl2, 2-Propanol, Sodium Acetate, pH 4.8, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I02	1	0.9795
シンクロトロン	Diamond	I02	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2013年5月8日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2013年5月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 13.5 % / 数: 869571 / R_merge(I) obs: 0.164 / D res high: 3 Å / D res low: 93.27 Å / Num. obs: 64337 / % possible obs: 100 / Rejects: 580

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Redundancy
3	3.07	1	0.612	12.6
13.75	93.27	1	0.054	13.1

反射

解像度: 2.2→63.12 Å / Num. obs: 157960 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	2.1	0.338	2.4	1,2	97
12.05-63.04	2.6	0.022	37.4	1,2	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
GDA		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→63.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.894 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.2338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23386	7919	5 %	RANDOM
R_work	0.19944	-	-	-
obs	0.2012	150001	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.65 Å²	0 Å²	0.57 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→63.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10363	7696	48	1322	19429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.016	19265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	13810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.653	27710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.854	3	32321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.108	5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.265	23.395	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.686	15	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.687	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	16037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9919	0.09
1	2	C	9919	0.09
2	1	A	9924	0.09
2	2	E	9924	0.09
3	1	A	9880	0.09
3	2	G	9880	0.09
4	1	A	9781	0.08
4	2	I	9781	0.08
5	1	A	9902	0.1
5	2	K	9902	0.1
6	1	A	9886	0.08
6	2	M	9886	0.08
7	1	A	9834	0.1
7	2	O	9834	0.1
8	1	B	3872	0.06
8	2	D	3872	0.06
9	1	B	3879	0.06
9	2	F	3879	0.06
10	1	B	3878	0.05
10	2	H	3878	0.05
11	1	B	3786	0.09
11	2	J	3786	0.09
12	1	B	3866	0.05
12	2	L	3866	0.05
13	1	B	3837	0.08
13	2	N	3837	0.08
14	1	B	3750	0.12
14	2	P	3750	0.12
15	1	C	9905	0.09
15	2	E	9905	0.09
16	1	C	9752	0.1
16	2	G	9752	0.1
17	1	C	9812	0.08
17	2	I	9812	0.08
18	1	C	9850	0.1
18	2	K	9850	0.1
19	1	C	9871	0.09
19	2	M	9871	0.09
20	1	C	9856	0.09
20	2	O	9856	0.09
21	1	D	3872	0.04
21	2	F	3872	0.04
22	1	D	3877	0.03
22	2	H	3877	0.03
23	1	D	3801	0.07
23	2	J	3801	0.07
24	1	D	3855	0.04
24	2	L	3855	0.04
25	1	D	3818	0.09
25	2	N	3818	0.09
26	1	D	3746	0.11
26	2	P	3746	0.11
27	1	E	9719	0.1
27	2	G	9719	0.1
28	1	E	9729	0.09
28	2	I	9729	0.09
29	1	E	9811	0.1
29	2	K	9811	0.1
30	1	E	9839	0.09
30	2	M	9839	0.09
31	1	E	9821	0.1
31	2	O	9821	0.1
32	1	F	3878	0.03
32	2	H	3878	0.03
33	1	F	3772	0.08
33	2	J	3772	0.08
34	1	F	3876	0.03
34	2	L	3876	0.03
35	1	F	3820	0.09
35	2	N	3820	0.09
36	1	F	3754	0.11
36	2	P	3754	0.11
37	1	G	9678	0.09
37	2	I	9678	0.09
38	1	G	9845	0.1
38	2	K	9845	0.1
39	1	G	9827	0.09
39	2	M	9827	0.09
40	1	G	9743	0.1
40	2	O	9743	0.1
41	1	H	3774	0.08
41	2	J	3774	0.08
42	1	H	3862	0.03
42	2	L	3862	0.03
43	1	H	3832	0.08
43	2	N	3832	0.08
44	1	H	3765	0.11
44	2	P	3765	0.11
45	1	I	9694	0.1
45	2	K	9694	0.1
46	1	I	9835	0.08
46	2	M	9835	0.08
47	1	I	9678	0.09
47	2	O	9678	0.09
48	1	J	3769	0.08
48	2	L	3769	0.08
49	1	J	3766	0.1
49	2	N	3766	0.1
50	1	J	3690	0.13
50	2	P	3690	0.13
51	1	K	9779	0.1
51	2	M	9779	0.1
52	1	K	9730	0.11
52	2	O	9730	0.11
53	1	L	3809	0.09
53	2	N	3809	0.09
54	1	L	3741	0.11
54	2	P	3741	0.11
55	1	M	9813	0.09
55	2	O	9813	0.09
56	1	N	3734	0.13
56	2	P	3734	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	556	-
R_work	0.305	11102	-
obs	-	-	97.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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