PDB-4rm7: The crystal structure of acyl-COA dehydrogenase from Slackia heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rm7

タイトル

The crystal structure of acyl-COA dehydrogenase from Slackia heliotrinireducens DSM 20476

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ALPHA FOLD / CYTOSOLIC

機能・相同性

機能・相同性情報

butyrate catabolic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Slackia heliotrinireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.529 Å

データ登録者

Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of acyl-COA dehydrogenase from Slackia heliotrinireducens DSM 20476
著者: Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rm7.cif.gz	164.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rm7.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6u76-1 6uug-1 3d6b-d 5xdc-d 2rfq-d 3eom-d 4w9u-d 5xde-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103749

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.056, 137.056, 130.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 44699.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Slackia heliotrinireducens (バクテリア) 株: DSM 20476 / 遺伝子: Shel_09270 / プラスミド: PMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: C7N4Y3, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Sodium Acetate:HCl, 4% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→50 Å / Num. all: 20493 / Num. obs: 20493 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 51.92 Å² / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / R_sym value: 0.691 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.529→43.341 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	1051	5.16 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.1757	20381	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.529→43.341 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2962	0	0	39	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	4123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.924	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5292-2.6443	0.275	134	0.2575	2336	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6443-2.7837	0.2857	131	0.2206	2401	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7837-2.9581	0.2566	138	0.2006	2376	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9581-3.1864	0.2464	152	0.1974	2399	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1864-3.507	0.2552	127	0.1925	2426	X-RAY DIFFRACTION	98
3.507-4.0141	0.1842	147	0.1595	2410	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0141-5.0561	0.1927	115	0.1381	2460	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0561-43.3473	0.1986	107	0.1681	2522	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6204	-0.6903	-0.168	2.824	1.1561	1.9501	-0.1414	0.013	0.3147	0.3456	0.1704	0.7767	-0.0869	-0.4696	0.0362	0.6208	0.0399	0.0264	0.4456	0.006	0.4801	6.8203	16.9156	30.2067
2	3.8165	0.0984	0.251	4.8671	0.0586	2.5955	-0.0574	-0.252	0.1633	0.3433	-0.07	-0.4946	-0.5489	0.6733	0.108	0.4907	-0.0494	-0.011	0.4356	-0.0745	0.3231	20.298	17.0435	26.2483
3	2.6663	-0.4625	-0.6722	3.4154	0.3722	1.4621	-0.2371	-0.3099	0.2687	0.1088	0.0837	-0.2094	-0.0138	0.2901	0.0925	0.3413	-0.012	-0.012	0.3172	-0.0101	0.2884	18.9291	10.1681	23.0531
4	5.0971	-2.0355	-1.5404	3.093	0.1847	4.2695	-0.2001	-0.4182	-0.0534	0.1816	-0.0536	-0.6467	0.4942	0.516	0.3002	0.4721	-0.0226	0.0087	0.6864	0.1755	0.5731	37.6032	3.3296	20.1166
5	5.5443	-0.2811	0.3578	4.1122	1.6924	5.0554	-0.375	-0.4008	-0.9718	0.2957	0.1553	0.0709	0.209	-0.095	0.3342	0.438	0.0152	0.0758	0.7005	0.1942	0.7432	37.6945	0.9534	16.5549
6	2.3556	-2.9373	-0.5342	2.3601	0.1167	0.0927	-0.0343	0.2836	0.4686	0.1297	-0.2512	-0.0383	-0.4276	0.0958	0.2887	0.5435	-0.0681	-0.0491	0.6964	0.0576	0.5134	32.6097	12.4701	8.3763
7	6.366	1.1156	-0.8546	3.9025	0.1454	5.0436	-0.1383	-0.7565	-0.8482	0.658	0.0109	-0.0629	0.381	0.2816	0.0323	0.54	0.0416	-0.0499	0.7008	0.1936	0.6182	41.5536	1.0907	18.1007
8	4.9378	-3.7575	2.7552	9.052	-2.9691	3.5945	0.2257	0.0282	0.0142	-0.4406	-0.1886	-0.1248	0.0353	0.2236	-0.121	0.3764	-0.0383	0.0289	0.2941	0.0201	0.2838	11.9137	7.8626	16.3946
9	5.0504	-1.5666	2.1789	3.3154	-1.3553	4.671	-0.0087	0.0509	0.3469	-0.02	-0.1671	0.24	-0.1677	-0.3442	0.0571	0.3667	-0.0233	0.0551	0.2717	-0.043	0.4091	-1.1219	9.4071	13.7148
10	2.1368	-0.9684	0.2544	5.7339	-2.5694	3.2346	-0.0713	-0.0653	0.1606	-0.0428	-0.0524	-0.0177	0.097	-0.0036	0.1524	0.3219	-0.0105	-0.014	0.2678	-0.0278	0.299	7.8024	3.1332	12.099
11	5.3711	0.282	0.533	1.4567	1.7784	5.0868	0.0103	0.2224	0.609	0.1585	-0.0811	-0.0869	-0.7392	0.3137	0.0411	0.3397	-0.0898	0.011	0.3356	0.0481	0.4283	12.4092	14.6537	5.1138
12	3.0953	0.687	0.484	4.4161	2.1612	3.6785	0.1255	-0.1502	-0.1664	0.2149	0.072	0.1387	0.334	0.1683	-0.2439	0.3661	0.1056	-0.0134	0.4167	-0.0087	0.5192	10.9081	-13.5369	14.1547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 154 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 208 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 209 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 267 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 268 through 308 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 309 through 338 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 339 through 365 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 366 through 384 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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