PDB-4rl5: Crystal structure of the Arabidopsis exocyst subunit exo70 family...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rl5

タイトル

Crystal structure of the Arabidopsis exocyst subunit exo70 family protein A1

要素

Exocyst complex component EXO70A1

キーワード

PROTEIN BINDING / exocyst complex

機能・相同性

機能・相同性情報

xylem vessel member cell differentiation / protoxylem development / regulation of secondary cell wall biogenesis / regulation of exocyst localization / xylem development / phragmoplast / exocyst / cell wall / exocytosis / cytoplasmic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zhang, Z.-M. / Zhang, C. / Song, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Endosidin2 targets conserved exocyst complex subunit EXO70 to inhibit exocytosis.
著者: Zhang, C. / Brown, M.Q. / van de Ven, W. / Zhang, Z.M. / Wu, B. / Young, M.C. / Synek, L. / Borchardt, D. / Harrison, R. / Pan, S. / Luo, N. / Huang, Y.M. / Ghang, Y.J. / Ung, N. / Li, R. / ...

履歴

登録	2014年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rl5.cif.gz	334.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rl5.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rl5_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rl5_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	4rl5_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	4rl5_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b7m-3 3hd7-1 4nqi-1 2b7m-1 2b7m-4 6ek7-d 3ipd-1 3pqh-3 5k9l-d 4nqi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exocyst complex component EXO70A1

B: Exocyst complex component EXO70A1

130 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Exocyst complex component EXO70A1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exocyst complex component EXO70A1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.108, 72.117, 327.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Exocyst complex component EXO70A1 / AtExo70a1 / Exocyst subunit Exo70 family protein A1 分子量: 64880.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: EXO70A1, At5g03540, F12E4.320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LZD3

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 mM di-ammonium tartrate, pH7.0, and 21.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 27255 / Num. obs: 27255 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AutoSol		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→48.521 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3479	3306	7.32 %
R_work	0.324	-	-
obs	0.3258	45192	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6415	0	0	0	6415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	8890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.805	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.1444	0.5784	130	0.5073	1672	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1444-3.1913	0.5304	132	0.45	1672	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1913-3.2412	0.4528	137	0.4267	1800	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2412-3.2943	0.3579	140	0.3883	1674	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2943-3.3511	0.4498	134	0.3973	1712	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3511-3.412	0.4627	142	0.389	1756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.412-3.4776	0.411	142	0.3698	1751	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4776-3.5486	0.3434	137	0.3592	1725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5486-3.6257	0.3408	144	0.3418	1788	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6257-3.71	0.4245	135	0.3685	1717	X-RAY DIFFRACTION	99
3.71-3.8028	0.3917	140	0.3569	1783	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8028-3.9055	0.4483	141	0.3198	1741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9055-4.0204	0.3861	133	0.3371	1753	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0204-4.1501	0.3632	138	0.3303	1751	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1501-4.2983	0.3422	136	0.2924	1788	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2983-4.4703	0.3539	132	0.2942	1730	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4703-4.6736	0.2765	141	0.2945	1745	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6736-4.9198	0.3061	145	0.2866	1736	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9198-5.2277	0.4191	129	0.3016	1748	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2277-5.6308	0.3134	145	0.3682	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6308-6.1964	0.4548	140	0.3755	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1964-7.0907	0.3515	136	0.367	1766	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0907-8.9244	0.2458	144	0.2811	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9244-48.5272	0.276	133	0.2574	1747	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2643	1.7246	0.9135	2.0811	0.8124	0.3811	-0.5355	1.1526	0.2206	-0.5072	0.3533	-0.3925	-0.2941	1.4218	-0.1558	1.6689	-0.3977	-0.3822	3.285	-0.3398	0.221	19.4735	-16.2324	-111.8568
2	0.1403	0.7106	0.1879	1.8914	-0.9502	1.3511	0.1101	1.0358	-0.3258	-0.7462	-0.3556	0.3952	0.1044	-0.424	0.0208	1.0436	-0.0133	-0.0617	2.4321	-0.1181	0.7257	10.9559	-19.027	-74.0363
3	0.4955	1.1863	-0.4382	0.2244	-0.7319	7.9848	0.3021	0.6494	0.124	-0.1797	-0.0973	0.1051	-1.1063	0.3103	-0.0169	0.5828	0.1514	-0.0055	1.0653	-0.0229	0.71	16.8734	-17.208	-27.7918
4	4.1073	-0.5951	0.0748	2.8092	2.514	2.4907	-0.1854	-0.3738	-0.441	0.2099	0.35	0.002	0.6389	-0.406	-0.3549	0.6814	-0.0543	-0.0728	0.848	-0.0312	0.5805	10.7457	-30.2556	7.9939
5	3.5526	-0.3371	-1.3849	1.3184	0.2907	5.0679	0.4189	-0.7498	-0.0502	0.5569	-0.353	0.0283	0.0597	-0.4833	-0.0422	1.2573	-0.307	0.0881	1.3986	-0.1227	0.6696	11.6664	17.5296	15.0168
6	0.4813	0.388	0.4341	1.7793	1.9734	5.574	-0.1443	0.1179	-0.0695	-0.1408	-0.1128	0.3121	-0.0523	-0.6555	0.1392	1.1494	-0.1301	0.0734	1.3963	-0.1592	0.7664	9.8594	12.5007	-21.4092
7	1.6997	0.124	-1.4685	1.1471	-0.6309	1.5468	-0.0775	-1.5034	-0.8065	0.4273	-0.4033	-0.9822	-0.4086	1.2862	0.0406	1.08	0.0023	-0.261	0.9078	0.0007	1.3243	14.9135	9.5091	-48.414
8	1.9964	0.592	-2.8542	3.3623	-1.5307	4.2454	0.3155	0.513	0.4216	0.4429	-0.3281	0.333	0.2575	0.7486	0.1838	0.6341	-0.0704	-0.16	2.1403	-0.1485	0.8415	14.5536	7.593	-62.0778
9	0.9195	0.1391	-1.2739	4.1432	-1.2676	4.3389	0.1908	0.7612	-0.2973	-1.1824	0.3181	0.093	0.5224	-0.1653	0.3307	1.0286	0.2163	-0.144	3.26	0.0118	0.8293	13.3441	8.1223	-85.9693
10	0.1476	-0.4162	0.8021	1.2351	-2.3396	4.3169	-0.4794	1.2691	-0.1582	0.594	-0.7133	0.3982	-0.9685	1.0263	-0.179	0.988	-0.3836	0.101	1.8621	-0.0884	1.0122	17.813	16.356	-87.7198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 75 through 131 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 319 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 320 through 544 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 545 through 629 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 74 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 224 through 388 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 389 through 436 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 437 through 493 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 494 through 566 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 567 through 629 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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