[日本語] English
万見
- PDB-4rl3: Crystal Structure of the Catalytic Domain of a family GH18 Chitin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rl3
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of a family GH18 Chitinase from fern, Peteris ryukyuensis
要素Chitinase A
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitinase-like / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain ...Chitinase-like / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chitinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pteris ryukyuensis (リュウキュウイノモトソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Umemoto, N. / Numata, T. / Ohnuma, T. / Fukamizo, T.
引用ジャーナル: Planta / 年: 2015
タイトル: A class III chitinase without disulfide bonds from the fern, Pteris ryukyuensis: crystal structure and ligand-binding studies.
著者: Kitaoku, Y. / Umemoto, N. / Ohnuma, T. / Numata, T. / Taira, T. / Sakuda, S. / Fukamizo, T.
履歴
登録2014年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chitinase A
B: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,96110
ポリマ－57,5462
非ポリマー4158
水9,512528
1
A: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9805
ポリマ－28,7731
非ポリマー2074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9805
ポリマ－28,7731
非ポリマー2074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.626, 78.626, 167.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

-
要素

#1: タンパク質 Chitinase A


分子量: 28772.982 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain (UNP RESIDIES 153-423) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pteris ryukyuensis (リュウキュウイノモトソウ)
遺伝子: prchiA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0WYK2, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, luqid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→71.17 Å / Num. obs: 70282 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 68.92
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 32.86 / Num. unique all: 20606 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SIM

3sim


解像度: 1.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.063 / SU ML: 0.04 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16488 3550 5.1 %RANDOM
Rwork0.15019 ---
obs0.15093 66710 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0 Å20 Å2
2---0.51 Å2-0 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4052 0 26 528 4606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.024198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9295727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77338801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6715550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60625.238168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.12315601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.697152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4040.7352193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4030.7342190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7141.1012744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7141.1022745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4640.7392003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4640.7392004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7671.0962984
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.2956.2834894
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.0195.9824777
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 244 -
Rwork0.149 4797 -
obs--96.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る