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- PDB-4rks: Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rks
タイトルCrystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidophilum (Mevalonate Bound)
要素Putative uncharacterized protein Ta1305
キーワードTRANSFERASE / mevalonate / mevalonate-3-kinase / mevalonate pyrophosphate decarboxylase / mevalonate diphosphate decarboxylase / mevalonic acid / mevalonate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate 3-kinase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Mevalonate-3-kinase, C-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (R)-MEVALONATE / Mevalonate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vinokur, J.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of mevalonate-3-kinase provides insight into the mechanisms of isoprenoid pathway decarboxylases.
著者: Vinokur, J.M. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Collazo, M. / Cascio, D. / Bowie, J.U.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein Ta1305
B: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,38710
ポリマ－74,5572
非ポリマー8308
水3,279182
1
A: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6184
ポリマ－37,2781
非ポリマー3393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7696
ポリマ－37,2781
非ポリマー4905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.990, 61.190, 103.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein Ta1305 / Mevalonate-3-Kinase


分子量: 37278.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta1305 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HIN1

-
非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 65 mM (R)-mevalonate (no mother liquor), vapor ...詳細: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 65 mM (R)-mevalonate (no mother liquor), vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→54.87 Å / Num. all: 51669 / Num. obs: 51669 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.37 % / Biso Wilson estimate: 27.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.04
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.543.57275873760197.7
2.05-2.110.4284.59272913709197.7
2.11-2.170.375.26267123631199
2.17-2.240.4284.89237643229189.6
2.24-2.310.19711.5221073060189
2.31-2.390.248.13244783310198.3
2.39-2.480.18210.48237203199198.9
2.48-2.580.16211.75232433125199.1
2.58-2.70.1314.5220112966199.1
2.7-2.830.10617.33213632869199.5
2.83-2.980.08521.75201512711199.3
2.98-3.160.06727.34191782577199.7
3.16-3.380.05432.89179832424199.5
3.38-3.650.04638.55167182280199.6
3.65-40.04144.73150192086198.9
4-4.470.03150.69139081888199.5
4.47-5.160.0351.92123201667199.6
5.16-6.320.0350.37105371429199.5
6.32-8.940.02554.7882111124199.2
8.94-54.870.01961.934306625197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RKP

4rkp


解像度: 2→54.855 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2583 5 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.197 51657 97.89 %-
all-51657 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.7 Å2 / Biso mean: 32.6744 Å2 / Biso min: 15.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→54.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4944 0 50 182 5176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.976913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0451824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03850.30591410.23812662280397
2.0385-2.08010.30111440.22762741288599
2.0801-2.12530.32291420.23572697283998
2.1253-2.17480.27631440.24212751289599
2.1748-2.22910.38381290.35412449257889
2.2291-2.28940.40311350.33932557269292
2.2894-2.35680.31091360.26762575271193
2.3568-2.43280.29221430.218127342877100
2.4328-2.51980.25031450.19872746289199
2.5198-2.62070.24881450.20582765291099
2.6207-2.740.28021470.20432793294099
2.74-2.88440.30231450.210327442889100
2.8844-3.06510.25821460.198527802926100
3.0651-3.30170.25551460.194327702916100
3.3017-3.63390.2131490.179128252974100
3.6339-4.15960.19461460.165727732919100
4.1596-5.240.18151480.140628252973100
5.24-54.87580.17371520.151728873039100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.688 Å / Origin y: 13.2 Å / Origin z: 19.716 Å
111213212223313233
T0.2348 Å2-0.0063 Å2-0.0186 Å2-0.1565 Å2-0.0064 Å2--0.2216 Å2
L0.6606 °2-0.0573 °2-0.3873 °2-0.2047 °2-0.0725 °2--0.915 °2
S-0.0211 Å °-0.0542 Å °0.0365 Å °0.0463 Å °-0.001 Å °0.0224 Å °-0.0532 Å °0.0154 Å °0.0216 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )A2 - 318
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )A401
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )A501 - 599
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )A402 - 403
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B401
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B-1 - 318
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B402
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B501 - 583
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B405
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:318 OR RESID 401:401 OR RESID 501:599 OR RESID 402:403 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 401:401 OR RESID -1:318 OR RESID 402:402 OR RESID 501:583 OR RESID 405:405 OR RESID 403:404 ) )B403 - 404

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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