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Yorodumi- PDB-4rks: Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidop... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rks | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidophilum (Mevalonate Bound) | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein Ta1305 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / mevalonate / mevalonate-3-kinase / mevalonate pyrophosphate decarboxylase / mevalonate diphosphate decarboxylase / mevalonic acid / mevalonate kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mevalonate 3-kinase / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Vinokur, J.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Bowie, J.U. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2015 Title: Structural analysis of mevalonate-3-kinase provides insight into the mechanisms of isoprenoid pathway decarboxylases. Authors: Vinokur, J.M. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Collazo, M. / Cascio, D. / Bowie, J.U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rks.cif.gz | 264.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rks.ent.gz | 212.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rks.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rks_validation.pdf.gz | 480.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rks_full_validation.pdf.gz | 481.7 KB | Display | |
Data in XML | 4rks_validation.xml.gz | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4rks_validation.cif.gz | 35 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rks | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rkpSC 4rkzC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37278.457 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: Ta1305 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HIN1 |
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-Non-polymers , 5 types, 190 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 65 mM (R)-mevalonate (no mother liquor), ...Details: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 65 mM (R)-mevalonate (no mother liquor), vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 6, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→54.87 Å / Num. all: 51669 / Num. obs: 51669 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.37 % / Biso Wilson estimate: 27.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 20.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4RKP Resolution: 2→54.855 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.7 Å2 / Biso mean: 32.6744 Å2 / Biso min: 15.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→54.855 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 33.688 Å / Origin y: 13.2 Å / Origin z: 19.716 Å
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Refinement TLS group |
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