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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rkh | ||||||
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タイトル | Structure of the MSL2 CXC domain bound with a specific MRE sequence | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA binding protein/DNA / Zinc cluster / DNA binding domain / Dosage compensation / DNA binding protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / X chromosome / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity ...dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / X chromosome / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity / lncRNA binding / nuclear chromosome / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / chromosome / ubiquitin protein ligase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein ubiquitination / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, S. / Ye, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014 タイトル: Structural basis of X chromosome DNA recognition by the MSL2 CXC domain during Drosophila dosage compensation. 著者: Zheng, S. / Villa, R. / Wang, J. / Feng, Y. / Wang, J. / Becker, P.B. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rkh.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rkh.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rkh_validation.pdf.gz | 460.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rkh_full_validation.pdf.gz | 462.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rkh_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rkh_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5652.500 Da / 分子数: 4 / 断片: CXC domain (UNP RESIDUES 520-570) / 変異: C560G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3241, msl-2, MSL2 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) 参照: UniProt: P50534, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: DNA鎖 | | 分子量: 4698.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 4479.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 10% PEG 3350 (w/v), 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 22220 / Num. obs: 21109 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Num. unique all: 912 / % possible all: 83.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.752 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.752 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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