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- PDB-4rkd: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkd
タイトルPsychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6 cocrystalized with aspartic acid
要素Aromatic amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / AROMATIC SUBSTRATES / PLP dependent ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KET / OXALOACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Bujacz, G. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2015
タイトル: Crystal structure and enzymatic properties of a broad substrate-specificity psychrophilic aminotransferase from the Antarctic soil bacterium Psychrobacter sp. B6.
著者: Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M.
履歴
登録2014年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aromatic amino acid aminotransferase
B: Aromatic amino acid aminotransferase
C: Aromatic amino acid aminotransferase
D: Aromatic amino acid aminotransferase
E: Aromatic amino acid aminotransferase
F: Aromatic amino acid aminotransferase
G: Aromatic amino acid aminotransferase
H: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,77524
ポリマ-353,5948
非ポリマー3,18116
14,736818
1
A: Aromatic amino acid aminotransferase
B: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2806
ポリマ-88,3982
非ポリマー8824
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
2
C: Aromatic amino acid aminotransferase
D: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0496
ポリマ-88,3982
非ポリマー6514
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area28790 Å2
手法PISA
3
E: Aromatic amino acid aminotransferase
F: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4117
ポリマ-88,3982
非ポリマー1,0135
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
4
G: Aromatic amino acid aminotransferase
H: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0345
ポリマ-88,3982
非ポリマー6363
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.250, 103.230, 165.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 398 / Label seq-ID: 1 - 398

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
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14AA
24EE
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25FF
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26GG
17AA
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19BB
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210EE
111BB
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112BB
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226GG
127FF
227HH
128GG
228HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aromatic amino acid aminotransferase


分子量: 44199.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
: B6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C7E5X4, aromatic-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 6種, 834分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-KET / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYLENE)-AMINO]-SUCCINIC ACID / PYRIDOXYLIDENE-ASPARTIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C12H16N2O9P
#5: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H3O5
#6: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H13N2O5P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M (CH3COO)2Mg, 20% PEG3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 77222 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.27 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル解像度: 2.76→2.86 Å / 冗長度: 2.26 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique all: 7979 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RKC
解像度: 2.76→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 23.356 / SU ML: 0.236 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22194 3862 5 %RANDOM
Rwork0.17338 ---
all0.17578 ---
obs0.17578 73358 97.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.93 Å2-0 Å20.24 Å2
2--4.88 Å20 Å2
3----2.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24808 0 201 818 25827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01925725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0431.97334877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09253214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99324.3391180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.407154271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4615150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.23782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02119774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.762.80312775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4294.19215968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3552.9812950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.31823.27441135
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A5420.1
12B5420.1
21A5340.08
22C5340.08
31A5380.11
32D5380.11
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82C5420.08
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182H5390.08
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192E5410.12
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212G5300.1
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222H5390.1
231E5350.11
232F5350.11
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251E5350.1
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261F5300.1
262G5300.1
271F5560.1
272H5560.1
281G5320.11
282H5320.11
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.831 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 286 -
Rwork0.321 5415 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1578-0.20360.40060.0502-0.05420.16110.0250.24810.03150.0411-0.06140.01620.04890.07820.03640.2131-0.02960.03440.0597-0.00130.057588.403555.94652.6441
20.53080.12180.11060.08370.05390.4117-0.0066-0.03540.12180.0057-0.0317-0.04470.1013-0.14250.03830.07660.0007-0.00060.1359-0.02940.143166.084858.908461.1735
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40.0706-0.15770.0590.3688-0.1720.21150.00390.04140.03970.0266-0.078-0.0728-0.1158-0.06840.07410.13160.02630.03410.1537-0.090.175688.096472.636474.5269
50.4209-0.06050.13370.01220.00550.6496-0.0119-0.0437-0.0025-0.0049-0.0075-0.00090.0608-0.02330.01940.1610.002-0.00880.0347-0.00370.135694.352650.187380.463
60.6237-0.2168-0.32490.52140.74261.1374-0.0369-0.09550.14330.02430.12220.01270.05890.2123-0.08530.12340.01310.00120.0478-0.05160.170599.472372.853989.2322
70.1202-0.00020.22160.0021-0.00140.49790.0422-0.0797-0.0063-0.0129-0.00220.00410.009-0.0984-0.040.1448-0.0257-0.00790.0968-0.00470.096148.113856.3302120.0284
80.04510.04180.0610.2095-0.11530.60220.01970.06660.04050.02-0.03530.15320.01880.36160.01560.01260.00090.01970.2830.02210.129470.49359.344111.4409
90.0992-0.27040.25861.0886-0.48431.331-0.01680.01020.05860.0568-0.1145-0.05120.12430.06960.13130.0812-0.042-0.01060.1425-0.03220.083460.399555.1229133.6849
100.0639-0.004-0.18810.1838-0.13320.77890.0257-0.06080.03330.08310.01230.0816-0.1670.1966-0.0380.0713-0.0388-0.01370.11990.00660.186948.338572.252197.8477
110.16840.07260.02870.2394-0.14330.69750.0026-0.02660.0138-0.0415-0.02480.03280.09190.02260.02220.15950.019-0.02270.01160.00340.150842.375749.813392.315
120.27650.1244-0.13940.1824-0.51281.7221-0.0292-0.01630.0578-0.03330.02020.03350.0301-0.05130.0090.15610.0234-0.00170.02220.01880.156337.035772.217283.1734
130.0686-0.01760.11440.1167-0.12680.2761-0.04240.03540.0983-0.027-0.04730.0555-0.01650.07470.08980.0546-0.0571-0.01870.1063-0.05170.28455.938825.6534148.0033
140.2356-0.1382-0.09210.1387-0.04260.2726-0.0154-0.05290.0247-0.05440.0006-0.0260.06150.01420.01490.1379-0.00040.02520.1107-0.03010.116156.25192.9702155.7513
150.04760.0594-0.02010.49930.62842.14010.03210.02150.04890.0777-0.04250.06930.01750.13350.01040.0735-0.04730.09940.12-0.03770.145267.030724.0515162.6845
160.876-0.05160.04410.0159-0.00830.02640.05950.14210.03030.0374-0.03040.01030.02860.051-0.02910.22320.0101-0.01310.1141-0.05070.066251.6197.5725127.5015
170.5753-0.15040.12770.17160.08730.15650.039-0.04480.12260.0012-0.0615-0.08920.0203-0.11590.02250.1255-0.0140.02870.1086-0.04130.136531.238117.6661135.3873
180.08460.15320.1190.35430.45060.91830.00480.01910.01810.02510.0010.00720.0255-0.0639-0.00580.1223-0.00280.02490.08230.01860.130639.28658.352113.8498
190.2863-0.18120.16580.1857-0.11310.1099-0.0133-0.06590.0164-0.03220.02450.0015-0.0380.0118-0.01120.1097-0.10140.05250.1964-0.09650.048432.339978.045156.3445
200.5705-0.1086-0.28870.10660.24350.6273-0.1354-0.1419-0.1083-0.00810.08560.04440.04250.22980.04980.1010.0538-0.00570.1840.03040.090732.99655.1075164.4393
210.0189-0.02550.04050.91980.58611.16260.0293-0.04940.0215-0.00830.0622-0.02250.03390.0791-0.09160.0286-0.05910.03110.2905-0.11920.063443.417276.6871171.2104
220.4699-0.19060.15070.1005-0.0080.18580.01180.0662-0.0557-0.03310.0260.0156-0.0060.1752-0.03770.1481-0.03730.04010.1872-0.03330.083128.198359.5842136.1482
230.2403-0.0998-0.06740.09120.15350.5280.0375-0.03860.0109-0.03080.0291-0.0272-0.1032-0.0638-0.06660.1439-0.00380.04160.072-00.12617.718769.2939144.0573
240.20060.42640.17950.96440.50870.8616-0.01480.0032-0.0001-0.00640.00960.0617-0.02210.04570.00530.1168-0.01130.01060.07180.01190.120915.891460.1837122.5341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3A288 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5B67 - 287
6X-RAY DIFFRACTION6B288 - 398
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 66
8X-RAY DIFFRACTION8C67 - 287
9X-RAY DIFFRACTION9C288 - 398
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 66
11X-RAY DIFFRACTION11D67 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12D288 - 398
13X-RAY DIFFRACTION13E1 - 66
14X-RAY DIFFRACTION14E67 - 287
15X-RAY DIFFRACTION15E288 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16F1 - 66
17X-RAY DIFFRACTION17F67 - 287
18X-RAY DIFFRACTION18F288 - 398
19X-RAY DIFFRACTION19G1 - 66
20X-RAY DIFFRACTION20G67 - 287
21X-RAY DIFFRACTION21G288 - 398
22X-RAY DIFFRACTION22H1 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23H67 - 287
24X-RAY DIFFRACTION24H288 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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