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- PDB-4rkc: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkc
タイトルPsychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6
要素Aromatic amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / AROMATIC SUBSTRATES / PLP Dependent ENZYME / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Bujacz, G. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure and enzymatic properties of a broad substrate-specificity psychrophilic aminotransferase from the Antarctic soil bacterium Psychrobacter sp. B6.
著者: Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M.
履歴
登録2014年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic amino acid aminotransferase
B: Aromatic amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,56316
ポリマ－88,3982
非ポリマー1,16514
水13,890771
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9410 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.687, 62.106, 85.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aromatic amino acid aminotransferase


分子量: 44199.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
株: B6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C7E5X4, aromatic-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Mg(NO3)2, 20% PEG3350, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.802 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 39647 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.67
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FSL and 3QN6

3fsl

3qn6


解像度: 2.19→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.554 / SU ML: 0.119 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20316 1989 5 %RANDOM
Rwork0.14207 ---
all0.14517 ---
obs0.14517 37644 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å2-0.52 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 74 771 7047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0196462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0481.9748746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5635808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5524.459296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.348151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1821536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9781.9823199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.962.9644000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8332.1973263
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78317.93811846
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.246 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 159 -
Rwork0.184 2636 -
obs--95.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11850.00620.13280.1411-0.0030.1908-0.06460.05280.01180.01750.00430.0105-0.07810.05370.06030.0532-0.0203-0.00340.03360.00140.050132.945237.686256.6462
20.32070.1132-0.02220.23030.10990.41810.0116-0.0321-0.01560.0136-0.009-0.0099-0.00090.0304-0.00260.00990.00380.00710.00840.00590.010836.488623.645175.3729
30.58950.47890.3141.04190.27741.0549-0.03460.02050.03940.0155-0.022-0.0531-0.22520.08610.05660.0544-0.0208-0.01620.01120.01120.016748.804341.724664.0242
40.34530.02710.12250.108-0.03730.09290.02880.0814-0.06240.0191-0.00390.00130.00520.0425-0.0250.01310.012-0.00270.0276-0.01390.01219.878114.024953.7894
50.54330.091-0.06150.14550.08090.20550.00980.00760.0073-0.0109-0.04890.0179-0.0546-0.06170.03910.02630.0232-0.00620.0329-0.00780.01385.540431.55660.8556
60.49080.2826-0.02620.7616-0.14130.2089-0.01390.054-0.0275-0.01770.01660.08610.017-0.0018-0.00260.0130.0158-0.00390.0328-0.01250.02222.769211.206847.2993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3A288 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5B67 - 287
6X-RAY DIFFRACTION6B288 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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