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- PDB-4rjk: Acetolactate synthase from Bacillus subtilis bound to LThDP - cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rjk
タイトルAcetolactate synthase from Bacillus subtilis bound to LThDP - crystal form II
要素Acetolactate synthase
キーワードLYASE / ThDP
機能・相同性Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PYRUVIC ACID / Chem-TDL / THIAMINE DIPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sommer, B. / von Moeller, H. / Haack, M. / Qoura, F. / Langner, C. / Bourenkov, G. / Garbe, D. / Brueck, T. / Loll, B.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Detailed Structure-Function Correlations of Bacillus subtilis Acetolactate Synthase.
著者: Sommer, B. / von Moeller, H. / Haack, M. / Qoura, F. / Langner, C. / Bourenkov, G. / Garbe, D. / Loll, B. / Bruck, T.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase
B: Acetolactate synthase
C: Acetolactate synthase
D: Acetolactate synthase
E: Acetolactate synthase
F: Acetolactate synthase
G: Acetolactate synthase
H: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,77771
ポリマ－497,4948
非ポリマー12,28363
水15,079837
1
A: Acetolactate synthase
B: Acetolactate synthase
C: Acetolactate synthase
D: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,01335
ポリマ－248,7474
非ポリマー6,26631
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33200 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area65560 Å2
手法PISA
2
E: Acetolactate synthase
F: Acetolactate synthase
ヘテロ分子

E: Acetolactate synthase
F: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,94842
ポリマ－248,7474
非ポリマー7,20138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area35880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area65000 Å2
手法PISA
3
G: Acetolactate synthase
H: Acetolactate synthase
ヘテロ分子

G: Acetolactate synthase
H: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,58130
ポリマ－248,7474
非ポリマー4,83426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area31610 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area65200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.510, 170.750, 342.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Acetolactate synthase


分子量: 62186.750 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: PY79 / 遺伝子: U712_18080 / プラスミド: pCBR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: V5MX36, EC: 4.1.3.18

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非ポリマー , 6種, 900分子

#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物 ChemComp-TDL / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-(1-CARBOXY-1-HYDROXYETHYL)-5-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM / 2-LACTYLTHIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 513.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N4O10P2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 45 % (v/v) PEG 200, 100 mM Tris/HCl, pH 7.0, 50 mM Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月19日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 225545 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 14.2 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→29.997 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 11235 4.98 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
obs0.1681 225424 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33774 0 701 837 35312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00935259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19247838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.31913154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.52840.28223730.20297103X-RAY DIFFRACTION100
2.5284-2.55810.28743750.20957096X-RAY DIFFRACTION100
2.5581-2.58930.27063720.20047096X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.62210.30843740.20867051X-RAY DIFFRACTION100
2.6221-2.65650.2843700.21157076X-RAY DIFFRACTION100
2.6565-2.69290.26283680.20257021X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.73140.27433740.19867110X-RAY DIFFRACTION100
2.7314-2.77210.28943730.19887064X-RAY DIFFRACTION100
2.7721-2.81540.27083670.18837051X-RAY DIFFRACTION100
2.8154-2.86150.27593770.19757125X-RAY DIFFRACTION100
2.8615-2.91080.26013710.18987074X-RAY DIFFRACTION100
2.9108-2.96370.2713710.18957068X-RAY DIFFRACTION100
2.9637-3.02060.25963740.19317133X-RAY DIFFRACTION100
3.0206-3.08220.26563720.18747108X-RAY DIFFRACTION100
3.0822-3.14920.24583690.18787058X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.22240.2563730.19187126X-RAY DIFFRACTION100
3.2224-3.30290.24623750.18267127X-RAY DIFFRACTION100
3.3029-3.3920.23753750.17917119X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.49170.24023730.18217130X-RAY DIFFRACTION100
3.4917-3.60420.21573740.177129X-RAY DIFFRACTION100
3.6042-3.73280.22123740.16327135X-RAY DIFFRACTION100
3.7328-3.8820.21573760.15627141X-RAY DIFFRACTION100
3.882-4.05830.1963730.15297136X-RAY DIFFRACTION100
4.0583-4.27160.18983750.14927201X-RAY DIFFRACTION100
4.2716-4.53840.17863710.13637152X-RAY DIFFRACTION100
4.5384-4.88750.16863740.13467216X-RAY DIFFRACTION100
4.8875-5.37680.18163800.14537224X-RAY DIFFRACTION100
5.3768-6.1490.2133810.16217262X-RAY DIFFRACTION100
6.149-7.72510.19573850.15417322X-RAY DIFFRACTION100
7.7251-29.99870.15943960.14287535X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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