PDB-4riz: The crystal structure of Y333Q mutant pyridoxal-dependent decarbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4riz

タイトル

The crystal structure of Y333Q mutant pyridoxal-dependent decarboxylase from Sphaerobacter thermophilus dsm 20745

要素

Pyridoxal-dependent decarboxylase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / A/B/A FOLD / CYTOSOLIC

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of y333q mutant pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4riz.cif.gz	744.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4riz.ent.gz	613.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4riz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4riz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4riz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ritS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rm1-1 4rlg-1 4rm1-2 4rlg-2 7kwd-d 3pz2-d 3e30-d 4zm3-1 1jcs-d 5bwd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100677

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxal-dependent decarboxylase

B: Pyridoxal-dependent decarboxylase

C: Pyridoxal-dependent decarboxylase

D: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Pyridoxal-dependent decarboxylase

B: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Pyridoxal-dependent decarboxylase

D: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.411, 124.659, 131.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyridoxal-dependent decarboxylase 分子量: 53080.449 Da / 分子数: 4 / 変異: Y333Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_2364 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D1C7D8, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG1000, 0.1M TRis:HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月28日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 112112 / Num. obs: 112112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.9 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5609 / R_sym value: 0.095 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RIT

4rit

解像度: 2.2→39.582 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	5610	5.01 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1595	111927	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14498	0	75	792	15365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	20318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6	5459
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2676

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.2-2.221	0.2709	178	0.2347	3218	3398	91
2.221-2.2471	0.3089	179	0.2266	3538	3717	99
2.2471-2.2745	0.2588	186	0.2155	3554	3740	100
2.2745-2.3033	0.262	201	0.2016	3549	3750	100
2.3033-2.3336	0.2555	200	0.2022	3525	3725	100
2.3336-2.3655	0.2577	168	0.1997	3517	3685	100
2.3655-2.3993	0.233	202	0.1846	3590	3792	100
2.3993-2.4351	0.2671	201	0.1805	3483	3684	100
2.4351-2.4732	0.259	192	0.1833	3562	3754	100
2.4732-2.5137	0.206	171	0.1784	3566	3737	100
2.5137-2.5571	0.2661	182	0.172	3577	3759	100
2.5571-2.6036	0.2133	180	0.1697	3519	3699	100
2.6036-2.6536	0.2247	182	0.1693	3583	3765	100
2.6536-2.7078	0.2399	183	0.1692	3546	3729	100
2.7078-2.7666	0.2179	186	0.1644	3551	3737	100
2.7666-2.831	0.24	200	0.1721	3561	3761	100
2.831-2.9018	0.2291	180	0.1641	3572	3752	100
2.9018-2.9802	0.2085	186	0.1609	3551	3737	100
2.9802-3.0678	0.1897	179	0.1616	3576	3755	100
3.0678-3.1668	0.2253	186	0.164	3579	3765	100
3.1668-3.28	0.2004	192	0.1671	3553	3745	100
3.28-3.4112	0.1925	211	0.1558	3504	3715	100
3.4112-3.5664	0.204	200	0.1516	3582	3782	100
3.5664-3.7543	0.1755	197	0.1396	3543	3740	100
3.7543-3.9893	0.1489	194	0.1345	3547	3741	100
3.9893-4.2969	0.1592	182	0.1259	3591	3773	99
4.2969-4.7287	0.1601	172	0.1217	3559	3731	99
4.7287-5.4115	0.1446	170	0.1342	3578	3748	99
5.4115-6.8123	0.1817	177	0.1559	3569	3746	99
6.8123-39.5887	0.1509	193	0.1352	3574	3767	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1154	-0.9589	0.0821	1.5663	0.08	1.4976	0.1891	0.347	-0.3488	-0.6223	-0.2032	0.1405	0.2438	0.0555	0.0062	0.4039	0.0107	-0.0095	0.2778	-0.0268	0.2477	-8.6372	3.9772	28.9558
2	0.8218	-0.6301	0.0197	1.9541	0.4813	0.4699	0.0251	0.1233	-0.1963	-0.3235	-0.0989	0.5575	0.1507	-0.1401	0.0567	0.2498	-0.0476	-0.0957	0.2739	-0.02	0.3262	-25.3432	10.4714	38.9071
3	-0.0554	-0.1841	-0.3918	0.6041	0.03	1.1593	-0.0077	0.0272	0.0538	-0.011	0.0233	-0.2038	-0.0409	0.1398	-0.0021	0.1348	-0.0222	0.0066	0.2203	0.0014	0.2467	-3.5028	21.7108	54.0865
4	2.3176	-1.5991	0.637	1.9664	-0.5199	0.9765	-0.1322	-0.2216	-0.1069	0.4788	0.1414	0.0338	0.0407	0.0683	0.028	0.3471	-0.0116	-0.0436	0.2668	-0.0064	0.2758	-13.3817	20.0117	76.2154
5	0.8832	-0.3389	0.103	1.3722	-0.1248	0.3738	-0.0717	-0.105	0.0655	0.254	0.0577	0.0658	-0.012	-0.0398	0.0018	0.161	0.0001	0.032	0.1991	-0.0099	0.1744	-18.9581	30.0816	70.5495
6	0.9981	0.0167	0.603	1.1244	1.1356	1.6572	-0.0766	0.0414	0.1309	-0.0382	-0.0124	0.0278	-0.1843	0.0616	0.0677	0.1819	-0.0293	-0.0159	0.1937	0.0222	0.2396	-15.004	32.282	54.3941
7	0.4162	0.1372	-0.5007	0.7126	0.0858	1.0224	-0.0718	-0.0117	-0.1002	0.0868	0.0529	-0.4203	-0.0166	0.269	0.0018	0.1395	-0.0122	-0.0355	0.2672	0.0171	0.3068	1.9654	19.7355	60.2421
8	1.7077	-0.3077	-0.2173	1.0169	0.2115	1.2308	0.0143	-0.1178	0.1701	-0.039	0.0146	0.2544	-0.086	-0.2529	-0.0435	0.1332	-0.0059	-0.0284	0.221	0.0175	0.2366	-32.7804	31.3599	50.3883
9	0.8127	0.113	-0.672	1.0184	-0.169	1.321	0.0439	-0.084	0.0322	-0.1161	-0.02	0.3274	0.0007	-0.3274	-0.0455	0.1683	-0.0185	-0.0413	0.2731	0.008	0.3053	-37.8322	27.8123	47.656
10	0.7245	0.7063	0.5253	1.3418	-0.139	1.1635	0.0232	0.1327	0.2509	-0.5953	-0.1417	0.0838	-0.1858	0.0138	0.1265	0.2867	0.0005	0.0016	0.2648	0.0081	0.223	-14.2585	24.875	29.9522
11	0.6545	-0.7408	0.1874	2.2158	-0.8006	0.2605	0.0466	0.0946	0.1718	-0.1433	-0.0966	-0.3851	-0.0887	0.1626	0.0278	0.2008	-0.0253	0.0597	0.2992	0.0402	0.3056	3.5547	16.606	39.0337
12	0.5697	-0.4592	0.4735	0.8435	-0.042	0.4499	-0.0054	-0.0732	-0.0988	0.0004	0.0658	0.2558	0.0509	-0.1194	-0.071	0.1375	-0.0287	-0.0126	0.2251	0.0241	0.251	-19.8775	4.316	48.9092
13	1.8346	-0.116	-0.5686	2.0198	0.5534	2.4571	-0.0563	-0.1417	-0.0254	0.3307	0.0454	0.1275	0.048	-0.0024	0.0002	0.1994	0.0048	0.0092	0.2173	0.0197	0.1902	-13.6356	6.423	73.8315
14	1.1058	-0.0614	-0.1213	1.6408	0.4666	0.4909	-0.0455	-0.0929	-0.0373	0.2934	0.0102	-0.2679	0.01	0.1295	0.0369	0.2049	-0.0001	-0.0542	0.2237	0.0466	0.245	-2.1523	-4.213	69.5326
15	0.9835	0.1275	-0.5852	0.9997	-1.2031	1.5006	-0.0227	-0.0006	-0.0863	-0.102	0.0241	-0.0778	0.2027	0.0254	-0.0079	0.2065	-0.0006	-0.0243	0.1839	-0.0026	0.2766	-6.6397	-6.3753	53.2449
16	0.1902	0.0114	0.3287	0.4996	-0.3067	0.9039	-0.0683	-0.0568	0.0529	0.0474	0.1668	0.3417	-0.0214	-0.397	-0.0907	0.1364	0.005	0.0288	0.294	0.0413	0.318	-23.8272	5.8885	60.2565
17	1.5689	-0.1642	0.0344	1.1034	-0.5668	1.3665	0.0922	-0.0272	-0.272	-0.1669	-0.2253	-0.4049	0.1086	0.4029	0.0822	0.166	0.0173	0.0637	0.3061	0.056	0.3824	12.6603	-3.8198	48.0974
18	0.7287	0.0823	0.0686	1.7206	-0.1443	0.6437	0.0505	-0.0501	-0.024	0.133	-0.0515	-0.0489	0.0218	0.0617	-0.0093	0.326	0.0159	-0.021	0.187	-0.0114	0.1464	-22.165	-55.7454	13.4422
19	0.7781	0.1782	0.072	2.0809	-0.2364	0.7011	0.0159	0.0702	0.0823	-0.1314	0.0196	0.1917	-0.0773	-0.0408	-0.044	0.3846	0.0253	-0.0305	0.1859	0.004	0.2004	-32.4714	-40.8759	0.0092
20	1.2971	-0.1316	-0.4737	0.7423	-0.3195	1.5472	0.1307	0.0958	0.135	-0.0676	-0.1034	-0.1976	-0.0982	0.2566	-0.0395	0.2998	0.0112	0.0034	0.2232	0.0037	0.217	-5.8669	-39.0953	-1.5285
21	1.2195	0.654	-0.4137	1.5271	-0.6581	0.6859	0.1391	-0.363	0.0398	0.5388	-0.1659	-0.2964	-0.0471	0.3352	-0.0174	0.6316	-0.0501	-0.2026	0.3844	0.0028	0.3415	-10.1874	-48.4358	27.1451
22	0.3296	0.7378	-0.0797	2.3494	0.05	0.0615	0.0938	-0.0656	0.1884	0.7688	-0.018	0.3095	-0.104	0.0601	-0.0869	0.6449	-0.0106	0.0246	0.3041	-0.0179	0.2372	-30.1847	-52.9507	29.5801
23	0.7113	0.1516	0.5218	1.0472	-0.1824	0.5372	0.0199	0.126	-0.016	-0.1891	-0.025	-0.0561	0.113	0.1168	0.0062	0.3747	0.0389	-0.0153	0.2208	0.0125	0.202	-21.9502	-64.8355	3.8815
24	0.9817	0.2583	-0.2879	1.6819	-0.0253	0.7593	-0.0361	0.121	-0.0445	-0.2251	0.0735	0.3855	0.1467	-0.1241	-0.039	0.4152	-0.0056	-0.0893	0.209	-0.0136	0.2791	-43.1235	-72.602	0.637
25	0.7642	-0.1329	0.7492	1.6944	-0.3108	0.9124	0.0244	0.1338	-0.0126	-0.2336	-0.0302	-0.162	0.028	0.1084	0.0462	0.4416	0.029	-0.0033	0.2312	0.0044	0.2261	-25.2052	-66.0054	0.6471
26	1.3711	0.3457	-0.0185	1.271	-0.1865	1.1166	0.0864	-0.2722	-0.112	0.3309	-0.0566	0.301	0.0241	-0.221	-0.0037	0.4832	0.0139	0.0465	0.3019	0.006	0.2874	-42.5934	-73.6943	27.1977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 167 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 282 through 312 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 313 through 355 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 356 through 433 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 434 through 477 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -1 through 38 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 39 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 97 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 151 through 180 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 181 through 281 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 282 through 312 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 313 through 354 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 355 through 477 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 0 through 191 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 192 through 354 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 355 through 477 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 5 through 38 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 39 through 96 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 97 through 167 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 168 through 289 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 290 through 354 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 355 through 476 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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