PDB-4rit: The yellow crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rit

タイトル

The yellow crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745

要素

Pyridoxal-dependent decarboxylase

キーワード

LYASE / MCSG / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / A/B/A FOLD / DECARBOXYLASE / CYTOSOLIC

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The yellow crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4rj0-1 6bom-3 6bop-1 5vif-d 2x3l-d 4xmu-d 4f5f-d 5uqq-3 4rj0-2 5uqo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100677

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Pyridoxal-dependent decarboxylase

A: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.483, 118.566, 126.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyridoxal-dependent decarboxylase 分子量: 53772.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア) 株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_2364 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D1C7D8, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8M LICL, 0.1M TRIS:HCL, 8% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 107436 / Num. obs: 103528 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / R_sym value: 0.526 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.595 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	5354	4.99 %
R_work	0.1504	-	-
obs	0.1515	107329	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7119	0	93	558	7770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	7627
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7	10393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.984	2821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8193	0.2694	152	0.2295	3245	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8193-1.8407	0.2535	189	0.2146	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8407-1.8632	0.2101	169	0.1951	3354	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8632-1.8867	0.1919	152	0.1806	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8867-1.9116	0.1978	171	0.1706	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9116-1.9378	0.1916	184	0.1671	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9378-1.9654	0.2129	162	0.1681	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9654-1.9948	0.2213	179	0.1579	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9948-2.0259	0.1716	156	0.162	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0259-2.0592	0.1852	206	0.1603	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0592-2.0947	0.2255	198	0.1562	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.1327	0.1793	173	0.1412	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1327-2.1738	0.1571	178	0.1374	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1738-2.2181	0.165	193	0.1416	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2181-2.2664	0.1707	174	0.1448	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2664-2.3191	0.1812	144	0.1485	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3191-2.3771	0.1843	171	0.1467	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3771-2.4413	0.181	179	0.1501	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4413-2.5132	0.1797	166	0.1502	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5132-2.5943	0.1733	190	0.1464	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5943-2.687	0.1858	170	0.1491	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.7945	0.1696	200	0.1463	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7945-2.9217	0.1833	178	0.1587	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9217-3.0756	0.1637	213	0.1591	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0756-3.2682	0.1641	193	0.154	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2682-3.5204	0.1666	170	0.1481	3469	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5204-3.8745	0.1458	183	0.1408	3401	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8745-4.4344	0.1494	167	0.1294	3407	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4344-5.5844	0.1689	193	0.1362	3402	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5844-39.6041	0.1659	201	0.1589	3417	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.293	0.7032	-1.9441	1.8843	-0.6306	2.8069	0.2714	-0.2433	0.4469	0.4823	-0.0001	0.3079	-0.6183	-0.1599	-0.259	0.2948	0.0519	0.0443	0.2076	-0.0273	0.2735	3.6091	32.8272	35.0707
2	1.6581	0.1471	-1.5376	0.787	0.4654	2.9314	0.0606	-0.3383	0.1701	0.2042	-0.0108	-0.0031	-0.2219	0.4573	-0.0501	0.2796	-0.0266	-0.0033	0.2381	-0.0151	0.2388	23.0941	29.52	29.385
3	1.4928	-0.8111	-0.5855	1.668	0.4856	2.0168	-0.027	0.0972	-0.0899	-0.0046	0.011	0.3232	0.0849	-0.2731	0.0051	0.1652	-0.0062	-0.0188	0.2054	0.0252	0.2341	4.452	11.2728	18.4941
4	2.1638	0.8176	0.1071	4.2486	-1.0169	3.7445	0.0127	-0.0575	-0.334	-0.1272	-0.1025	-0.2486	0.4975	0.0407	0.0887	0.2008	0.0245	0.0076	0.1842	0.0042	0.1957	20.0221	-9.6057	21.0144
5	0.7327	0.3991	0.0206	1.338	-0.827	1.6627	-0.0325	0.0428	-0.2078	-0.166	-0.034	-0.195	0.269	0.2441	0.066	0.2067	0.0537	0.0207	0.2069	-0.0142	0.1936	28.7336	-1.8283	9.5552
6	0.7331	-0.0336	-0.4733	2.154	-0.0417	1.7901	-0.0104	0.1071	-0.0251	-0.1359	0.0403	0.1927	0.1065	-0.1762	-0.0221	0.1267	0.0098	-0.0376	0.1636	0.0019	0.1612	13.2742	5.6271	13.179
7	3.1351	0.4054	-0.82	0.8099	-0.1781	0.9871	0.0158	0.1813	0.0684	-0.0762	-0.0432	-0.1216	-0.063	0.1211	0.0242	0.1868	0.0063	-0.0017	0.1569	0.0252	0.1785	32.8672	22.0085	7.1283
8	2.8629	-0.8861	-0.4034	2.1938	-0.0962	2.2361	0.0985	0.0134	0.2273	-0.0386	-0.0794	-0.3164	-0.2119	0.3429	-0.0381	0.1579	-0.0464	0.0003	0.1985	0.0224	0.1752	37.814	27.1866	10.6983
9	1.3873	0.1723	-1.2491	0.8118	-0.4409	2.5487	0.1448	0.1201	0.3408	0.0235	0.0166	0.2462	-0.4686	-0.2366	-0.1706	0.254	0.0462	-0.0151	0.1872	0.0295	0.3033	6.8752	33.7752	17.3366
10	1.1032	0.5412	0.0778	0.927	-0.5787	0.6044	-0.1098	0.4317	-0.1703	-0.0819	-0.063	0.458	0.2939	-0.6908	-0.0445	0.1787	0.0392	-0.0298	0.3109	0.0503	0.2957	-5.3947	16.698	17.3816
11	0.9809	0.5637	-0.5465	0.316	-0.4013	1.8532	-0.0355	0.0779	0.1231	-0.0033	0.0572	0.1522	0.0009	-0.2105	-0.078	0.1928	0.0546	0.0195	0.2421	0.0317	0.3018	-3.6151	18.5858	27.5899
12	0.9455	0.0595	-0.4283	2.5551	-1.035	2.5264	-0.0225	-0.1506	0.13	0.1449	-0.059	-0.2292	-0.1527	0.2745	0.077	0.1664	-0.0098	-0.0156	0.1796	-0.0303	0.1857	21.5569	18.8291	34.7572
13	3.2182	-0.1028	-1.2136	1.298	-0.2427	2.7186	-0.0667	-0.0192	-0.2541	-0.0083	-0.028	-0.1105	0.3223	0.2115	0.0825	0.2161	0.0378	-0.0169	0.2005	0.018	0.1666	22.1306	-7.6305	34.9253
14	2.1321	-0.0353	-1.8431	1.1477	0.3136	4.3361	-0.0743	-0.2456	-0.3005	0.1643	-0.0277	-0.0016	0.39	0.1009	0.1118	0.1941	-0.0011	-0.0108	0.1575	0.0485	0.1892	12.6977	-11.7758	42.3286
15	1.228	-0.2496	-0.1333	1.2788	-0.8216	1.5631	-0.0649	-0.202	0.0334	0.1498	0.0418	-0.0809	0.0134	0.1311	0.0176	0.169	0.0197	-0.0163	0.193	-0.008	0.1377	17.9279	3.8823	42.7748
16	2.7922	1.03	-0.3058	1.9435	-0.5413	1.0973	0.0917	-0.3373	-0.0321	0.2637	0.0314	0.4592	0.027	-0.2203	-0.1149	0.219	0.0496	0.0492	0.2613	0.0565	0.2906	-6.1296	6.429	46.1314
17	1.2649	0.3782	-0.122	2.058	0.1961	1.3609	0.0279	-0.085	-0.0182	0.1812	0.1284	0.7613	0.0227	-0.373	-0.1332	0.192	0.022	0.0404	0.2997	0.0717	0.3844	-12.5948	6.7557	42.5646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 5 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 39 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 97 through 150 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 151 through 180 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 181 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 282 through 354 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 355 through 433 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 434 through 480 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 5 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 39 through 64 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 65 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 97 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 151 through 191 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 192 through 233 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 234 through 354 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 355 through 433 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 434 through 477 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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