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- PDB-4rip: BromoUracil substituted structure of intercalation-locked DNA tet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rip
タイトルBromoUracil substituted structure of intercalation-locked DNA tetraplex
要素DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')
キーワードDNA / BromoUracil / homoduplex / intercalation-locked DNA tetraplex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tripathi, S.K. / Zhang, D. / Paukstelis, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: An intercalation-locked parallel-stranded DNA tetraplex.
著者: Tripathi, S. / Zhang, D. / Paukstelis, P.J.
履歴
登録2014年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5031
ポリマ－3,5031
非ポリマー00
水45025
1
A: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0124
ポリマ－14,0124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)26.400, 26.400, 166.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-115-

HOH

21A-121-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3')


分子量: 3502.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM MgCl2, 5% PEG400, 30 mM sodium cacodylate, pH 7.4, 8mM cobalt hexamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月12日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→55.484 Å / Num. obs: 2699 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBF1.3データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→55 Å / SU ML: 0 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 194 5.1 %
Rwork0.2324 --
obs0.2328 2422 99.63 %
all-3804 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.03 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2078 Å20 Å2-0 Å2
2--1.2078 Å2-0 Å2
3----2.4155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 207 0 25 232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.659356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d39.74699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00410
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.14 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 194 -
Rwork0.2324 3610 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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