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万見
- PDB-4rhd: DNA Duplex with Novel ZP Base Pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhd
タイトルDNA Duplex with Novel ZP Base Pair
要素
  • DNA 9mer novel P nucleobase
  • DNA 9mer novel Z nucleobase
キーワードDNA / modified nucleobase Z and P
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, W. / Zhang, L. / Benner, S. / Huang, Z.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Evolution of functional six-nucleotide DNA.
著者: Zhang, L. / Yang, Z. / Sefah, K. / Bradley, K.M. / Hoshika, S. / Kim, M.J. / Kim, H.J. / Zhu, G. / Jimenez, E. / Cansiz, S. / Teng, I.T. / Champanhac, C. / McLendon, C. / Liu, C. / Zhang, W. ...著者: Zhang, L. / Yang, Z. / Sefah, K. / Bradley, K.M. / Hoshika, S. / Kim, M.J. / Kim, H.J. / Zhu, G. / Jimenez, E. / Cansiz, S. / Teng, I.T. / Champanhac, C. / McLendon, C. / Liu, C. / Zhang, W. / Gerloff, D.L. / Huang, Z. / Tan, W. / Benner, S.A.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Structure summary
改定 1.22016年5月18日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA 9mer novel Z nucleobase
B: DNA 9mer novel P nucleobase
C: DNA 9mer novel Z nucleobase
D: DNA 9mer novel P nucleobase
E: DNA 9mer novel Z nucleobase
F: DNA 9mer novel P nucleobase
G: DNA 9mer novel Z nucleobase
H: DNA 9mer novel P nucleobase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,75110
ポリマ－22,7028
非ポリマー492
水1,15364
1
A: DNA 9mer novel Z nucleobase
B: DNA 9mer novel P nucleobase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6762
ポリマ－5,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area3470 Å2
手法PISA
2
C: DNA 9mer novel Z nucleobase
D: DNA 9mer novel P nucleobase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7003
ポリマ－5,6762
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3440 Å2
手法PISA
3
E: DNA 9mer novel Z nucleobase
F: DNA 9mer novel P nucleobase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6762
ポリマ－5,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3440 Å2
手法PISA
4
G: DNA 9mer novel Z nucleobase
H: DNA 9mer novel P nucleobase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7003
ポリマ－5,6762
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area3430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.429, 59.429, 87.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-210-

HOH

21C-212-

HOH

31C-216-

HOH

41G-105-

HOH

51G-106-

HOH

61G-107-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖
DNA 9mer novel Z nucleobase


分子量: 2838.769 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖
DNA 9mer novel P nucleobase


分子量: 2836.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% (v/v) MPD, 40 mM Sodium cacodylate, 12 mM Spermine tetra-HCl, pH 6.0, 80 mM NaCl, 20 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→87.05 Å / Num. all: 37813 / Num. obs: 37630 / % possible obs: 99.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→87.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 0.007 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22649 1890 5 %RANDOM
Rwork0.22344 ---
obs0.22361 35787 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→87.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1472 2 64 1538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0121620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1981.3682448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.31731920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3040.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0330.02872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2383.1671620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2393.1671619
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7474.7362448
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.60630.6942656
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.60630.6812656
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 136 -
Rwork0.163 2637 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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