PDB-4rha: Structure of the C-terminal domain of outer-membrane protein OmpA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rha

タイトル

Structure of the C-terminal domain of outer-membrane protein OmpA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S

要素

Outer membrane protein A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ompA / putative peptidoglycan domain / outer membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Insights into PG-binding, conformational change, and dimerization of the OmpA C-terminal domains from Salmonella enterica serovar Typhimurium and Borrelia burgdorferi.
著者: Tan, K. / Deatherage Kaiser, B.L. / Wu, R. / Cuff, M. / Fan, Y. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R.P. / Adkins, J.N. / Cort, J.R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rha.cif.gz	118.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rha.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rha_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rha_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	4rha_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	4rha_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rha	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3oonC 5vesC 4erh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oa4-1 5jx5-1 5jx5-3 4n09-2 4n09-1 6cul-4 4b7j-d 6sbb-2 5phv-d 2hv6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC101566

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein A

B: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

B: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.627, 58.627, 72.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Outer membrane protein A 分子量: 15672.464 Da / 分子数: 2 / 断片: OmpA_C domain (UNP residues 204-345) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌) 株: 14028S / 遺伝子: ompA / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: D0ZTJ5, UniProt: A0A0H2UKZ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 2.5M Ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH 7.5, 1.5% MPD, 20mM Magnesium acetate, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月11日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97929	1

Reflection

冗長度: 6.2 % / 数: 176260 / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.69 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28244 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.75	50	1	0.064	5.105	5.8
3.77	4.75	1	0.053	3.813	6
3.29	3.77	1	0.064	4.13	6.1
2.99	3.29	1	0.067	3.46	6.2
2.78	2.99	1	0.067	2.636	6.3
2.61	2.78	1	0.071	2.312	6.4
2.48	2.61	1	0.072	1.851	6.4
2.38	2.48	1	0.076	1.709	6.4
2.28	2.38	1	0.078	1.428	6.4
2.2	2.28	1	0.084	1.322	6.4
2.14	2.2	1	0.088	1.152	6.4
2.07	2.14	1	0.096	0.962	6.4
2.02	2.07	1	0.108	0.88	6.4
1.97	2.02	1	0.12	0.75	6.4
1.93	1.97	1	0.137	0.63	6.4
1.89	1.93	1	0.173	0.588	6.4
1.85	1.89	1	0.185	0.467	6.4
1.81	1.85	1	0.218	0.421	6.3
1.78	1.81	1	0.255	0.368	5.9
1.75	1.78	1	0.303	0.346	5.5

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 28244 / Num. obs: 28244 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.689 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	5.5	0.303	3.2	1436	0.346	100
1.78-1.81	5.9	0.255	4.2	1406	0.368	100
1.81-1.85	6.3	0.218	5.4	1427	0.421	100
1.85-1.89	6.4	0.185	6.9	1410	0.467	100
1.89-1.93	6.4	0.173		1403	0.588	100
1.93-1.97	6.4	0.137		1423	0.63	100
1.97-2.02	6.4	0.12		1420	0.75	100
2.02-2.07	6.4	0.108		1422	0.88	100
2.07-2.14	6.4	0.096		1397	0.962	100
2.14-2.2	6.4	0.088		1399	1.152	100
2.2-2.28	6.4	0.084		1442	1.322	100
2.28-2.38	6.4	0.078		1418	1.428	100
2.38-2.48	6.4	0.076		1415	1.709	100
2.48-2.61	6.4	0.072		1407	1.851	100
2.61-2.78	6.4	0.071		1419	2.312	100
2.78-2.99	6.3	0.067		1409	2.636	100
2.99-3.29	6.2	0.067		1434	3.46	99.7
3.29-3.77	6.1	0.064		1400	4.13	99.7
3.77-4.75	6	0.053		1410	3.813	99.2
4.75-50	5.8	0.064		1347	5.105	94.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.497 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 18792 / Reflection centric: 0

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
1	1.32	0.1	0	18792
2	0.94	3.7	0.75	18707

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
1	12.5-50	1.11	0.2	0	42
1	7.14-12.5	1.24	0.2	0	298
1	5-7.14	1.28	0.2	0	794
1	3.85-5	1.04	0.2	0	1441
1	3.13-3.85	1.03	0.1	0	2276
1	2.63-3.13	1.43	0.1	0	3361
1	2.27-2.63	1.7	0.1	0	4555
1	2-2.27	1.91	0	0	6025
2	12.5-50	1.05	19.3	0.42	41
2	7.14-12.5	1.01	10.4	0.84	284
2	5-7.14	0.91	7.3	1.01	779
2	3.85-5	0.94	6.8	0.83	1408
2	3.13-3.85	0.92	5.3	0.8	2260
2	2.63-3.13	0.91	3.5	0.83	3355
2	2.27-2.63	0.93	2.7	0.71	4555
2	2-2.27	0.98	2.3	0.52	6025

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	32.0739	-0.004	-0.044	-0.125	5.638	0
2	35.9926	-0.395	0.278	-0.254	5.085	0
3	37.6005	-0.004	-0.044	-0.126	4.241	-0.148
4	37.8912	-0.395	0.278	-0.254	3.558	-0.126

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	反射	Reflection acentric
12.5-50	0.212	1484	42
7.14-12.5	0.37		298
5-7.14	0.624	5349136	794
3.85-5	0.52		1441
3.13-3.85	0.553		2276
2.63-3.13	0.587		3361
2.27-2.63	0.533	1053855744	4555
2-2.27	0.386	10980	6025

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 28121

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.43-100	53.8	0.832	501
5.18-6.43	41.3	0.93	508
4.55-5.18	46.1	0.943	522
4.1-4.55	46.4	0.947	588
3.76-4.1	50.2	0.949	630
3.5-3.76	51.6	0.952	692
3.28-3.5	45.6	0.948	736
3.1-3.28	49.3	0.941	798
2.95-3.1	45	0.943	824
2.82-2.95	45.7	0.942	870
2.7-2.82	45.1	0.938	940
2.6-2.7	44.1	0.936	915
2.5-2.6	46.5	0.942	1015
2.42-2.5	47	0.94	1018
2.35-2.42	47.6	0.937	1045
2.28-2.35	50.4	0.934	1085
2.21-2.28	52	0.933	1137
2.16-2.21	51.5	0.927	1148
2.1-2.16	54.8	0.924	1217
2.05-2.1	58.7	0.925	1207
2.01-2.05	60	0.914	1238
1.96-2.01	85.7	0.919	1270
1.92-1.96	88.7	0.91	1286
1.88-1.92	90.9	0.881	1302
1.85-1.88	91	0.872	1376
1.81-1.85	88.6	0.859	1389
1.78-1.81	92.3	0.781	1363
1.75-1.78	90	0.612	1501

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000	SHELXD	位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.2094 / WR_factor R_work: 0.1752 / FOM work R set: 0.9094 / SU B: 4.086 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.1062 / SU R_free: 0.1025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1976	1421	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1665	-	-	-
obs	0.1681	26698	99.65 %	-
all	-	26698	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.26 Å² / B_iso mean: 37.487 Å² / B_iso min: 15.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1944	0	42	192	2178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.99	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3	4579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.116	25.484	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.593	15	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.195	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.9	2.492	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.886	2.487	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.806	3.701	1353

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	105	-
R_work	0.215	1999	-
all	-	2104	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6605	0.4398	0.7027	1.4627	0.2285	1.5901	0.1481	-0.0453	0.0505	0.0239	0.0336	-0.089	-0.0185	0.1829	-0.1817	0.0248	-0.0036	0.0205	0.0511	-0.0289	0.0408	38.372	20.4628	22.5991
2	2.3814	0.0714	-0.6522	1.55	-0.361	1.3539	0.0527	-0.1387	0.1031	-0.0601	-0.0366	0.0473	-0.0764	0.0189	-0.016	0.0214	0.0213	-0.0036	0.0548	-0.0109	0.0068	55.4313	8.9341	21.0383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	213 - 345
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	214 - 340

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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