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万見
- PDB-4rh6: 2.9 Angstrom Crystal Structure of Putative Exotoxin 3 from Staphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rh6
タイトル2.9 Angstrom Crystal Structure of Putative Exotoxin 3 from Staphylococcus aureus.
要素Exotoxin 3, putative
キーワードTOXIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Superantigen-like protein / Exotoxin 3
機能・相同性
機能・相同性情報


: / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exotoxin 3, putative / Exotoxin 3, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.9 Angstrom Crystal Structure of Putative Exotoxin 3 from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exotoxin 3, putative
B: Exotoxin 3, putative
C: Exotoxin 3, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5906
ポリマ－73,4833
非ポリマー1063
水1,874104
1
A: Exotoxin 3, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4941
ポリマ－24,4941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exotoxin 3, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4941
ポリマ－24,4941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Exotoxin 3, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6014
ポリマ－24,4941
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.427, 90.623, 159.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 226 / Label seq-ID: 23 - 211

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Exotoxin 3, putative


分子量: 24494.424 Da / 分子数: 3 / 断片: Putative Exotoxin 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL0468 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q5HIP9, UniProt: A0A0H2WXS6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3); Screen: PEGs (C10), 0.1M MES (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 8000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 13668 / Num. obs: 13668 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 714 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RDH

2rdh


解像度: 2.9→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 39.616 / SU ML: 0.377
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.537 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28252 1372 10.1 %RANDOM
Rwork0.22562 ---
all0.23143 12253 --
obs0.23143 12253 95.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.76 Å20 Å20 Å2
2---1.67 Å2-0 Å2
3---5.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 3 104 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.976308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03310493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0785571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.03125.424236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67215950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5221524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.523.6852281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5193.6832280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1525.5162853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1525.5182854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4453.9442418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4183.9442418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1235.8063455
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.89728.4135219
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.87528.4155204
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A10693
12B10693
21A10688
22C10688
31B10660
32C10660
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 102 -
Rwork0.319 885 -
obs--96.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7701-0.8296-0.69963.87810.47091.25870.05040.00950.1220.1238-0.04760.0528-0.01570.1071-0.00270.0290.0231-0.01070.0888-0.01840.019415.4377-10.8385-17.8796
23.2136-0.416-1.5211.959-0.39964.2377-0.2045-0.1651-0.29760.47510.12710.01040.23110.08120.07740.18690.0712-0.00170.11450.0150.031819.7122-23.9857-12.3602
32.0663-1.0131-0.60783.0057-0.72351.89960.05720.10260.18230.0887-0.0927-0.0981-0.1429-0.12280.03560.0644-0.03170.01150.0818-0.02070.0295-1.319818.8783-14.5633
44.3098-1.854-0.88236.6244-1.10273.1346-0.2613-0.01790.25220.46850.0748-0.3723-0.1870.16110.18650.2888-0.0065-0.1070.2298-0.13050.1441.138731.2567-8.8343
52.3459-0.33080.90383.24670.17962.04260.1412-0.18930.0296-0.066-0.14610.330.1396-0.11940.00490.0777-0.0396-0.00760.0512-0.01210.0395-10.473419.7381-36.0189
64.3628-0.03480.72423.3182-0.32861.5673-0.22170.01760.3017-0.1090.08980.0273-0.11720.06030.1320.03040.0001-0.00810.05790.02650.0475-0.550330.5516-39.5909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2A146 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3B38 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4B167 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5C38 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6C144 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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