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- PDB-4rh4: Zinc-substituted pseudoazurin solved by S/Zn-SAD phasing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rh4
タイトルZinc-substituted pseudoazurin solved by S/Zn-SAD phasing
要素Pseudoazurin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SAD / BETA-SANDWICH / DIVALENT METAL-ION / METALLOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gessmann, R. / Petratos, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Zinc-substituted pseudoazurin solved by S/Zn-SAD phasing.
著者: Gessmann, R. / Papadovasilaki, M. / Drougkas, E. / Petratos, K.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6414
ポリマ－13,3841
非ポリマー2583
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.005, 49.005, 98.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Pseudoazurin / Blue copper protein / Cupredoxin


分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
プラスミド: PAB301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04377
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PROTEIN AT 15 MG/ML, 50MM NA-CITRATE, PH 5.8, 20 MM ZNCL2, 2.8 M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年5月27日 / 詳細: Bruker Photon 100 with Cmos technology.
放射モノクロメーター: Helios multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→21.23 Å / Num. all: 17676 / Num. obs: 17521 / % possible obs: 99.12 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSIIデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→21.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.376 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20735 876 5 %RANDOM
Rwork0.18436 ---
obs0.18549 16645 99.12 %-
all-17521 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 11 125 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7112.0081539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82332773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3795161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.28727.14342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.20115247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.373151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6390.815544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.630.811543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0731.214689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9971.237688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7370.936579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7310.917566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1761.346811
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.17.4091316
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8486.831258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 67 -
Rwork0.248 1110 -
obs--89.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7675 Å / Origin y: 8.4257 Å / Origin z: -2.8636 Å
111213212223313233
T0.0189 Å2-0.0089 Å2-0.0126 Å2-0.0234 Å2-0.0029 Å2--0.0219 Å2
L0.5661 °2-0.1438 °20.1273 °2-1.9282 °20.1288 °2--0.7322 °2
S-0.0038 Å °-0.0368 Å °0.0008 Å °-0.0148 Å °0.0089 Å °-0.0737 Å °-0.0403 Å °-0.029 Å °-0.0051 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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