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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rgy | ||||||
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タイトル | Structural and functional analysis of a low-temperature-active alkaline esterase from South China Sea marine sediment microbial metagenomic library | ||||||
要素 | Esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Esterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | uncultured bacterium FLS12 (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Ind Microbiol Biotechnol / 年: 2015 タイトル: Structural and functional analysis of a low-temperature-active alkaline esterase from South China Sea marine sediment microbial metagenomic library. 著者: Hu, Y. / Liu, Y. / Li, J. / Feng, Y. / Lu, N. / Zhu, B. / Xue, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rgy.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rgy.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rgy_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rgy_full_validation.pdf.gz | 435.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rgy_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rgy_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30273.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) uncultured bacterium FLS12 (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8Y562 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 24% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.0001 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→35.067 Å / Num. obs: 101251 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→32.083 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.083 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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