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- PDB-4rgx: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgx
タイトルCrystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with 3,4-dihydroxy bezoic acid
要素Repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / winged helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / Repressor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with 3,4-dihydroxy bezoic acid
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2368
ポリマ－36,7332
非ポリマー5036
水3,279182
1
A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子

A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,47316
ポリマ－73,4664
非ポリマー1,00712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area16830 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.584, 83.105, 63.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-355-

HOH

詳細to generate tetramer apply x,y,z and -x+1,-y,z to the asymmetric unit of dimer

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein / Repressor protein of the Hydroxycinnamate (Hca) catabolic genes


分子量: 18366.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)
遺伝子: ACIAD1728, hcaR / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9
#2: 化合物 ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0, 5 mM 3,4-dihydroxy bezoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 20059 / Num. obs: 20059 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 35.09 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 983 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.102→34.784 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1014 5.11 %random
Rwork0.171 ---
all0.173 19862 --
obs0.173 19862 98.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→34.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 32 182 2369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.393891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1016-2.21240.27241440.21962552269697
2.2124-2.3510.27141440.21762639278398
2.351-2.53250.24351470.176926612808100
2.5325-2.78720.23011440.184426812825100
2.7872-3.19030.25661480.185227022850100
3.1903-4.01850.2091390.157227502889100
4.0185-34.78840.18531480.154828633011100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1481-5.00154.13085.3567-0.85824.6047-1.4927-0.5978-2.2262.81511.1402-0.6998-0.2576-0.04750.37640.80350.0948-0.02420.83940.04880.795527.29578.493363.3892
23.1742-0.43611.32399.289-6.0394.2532-0.2083-0.09040.1920.52450.2840.1078-0.4397-0.0385-0.02230.25750.06380.02870.2725-0.01040.270322.729120.919845.7761
39.14713.24322.18947.9522.9686.8301-0.0932-0.1383-0.3697-0.0887-0.1045-0.20250.03220.03070.17130.21890.02950.03990.30060.03760.305613.874319.090433.2659
42.70023.41712.25135.72751.37353.44290.1067-0.9256-0.87380.766-0.03210.05271.0829-0.74660.05450.42950.03860.06610.54390.11710.47636.067712.831938.2481
57.08311.0392-0.5165.3339-0.72589.1402-0.369-0.2816-0.07140.19320.12450.5348-0.1292-0.50350.20.23610.0915-0.01060.40150.04050.32874.766821.13329.9011
65.5361-4.3185-4.85524.45951.79227.9009-0.9838-0.322-3.6018-0.8081-0.0705-1.41332.6042-0.79761.09711.382-0.1990.08310.81720.11871.4786-3.4914.174724.923
78.8735-1.00275.04810.64180.02013.40510.03210.61-0.1861-0.1432-0.0871-0.0709-0.11890.24230.00870.27160.03040.06460.37370.03090.296520.732616.847430.0784
84.33130.4237-1.61323.929-0.08033.3594-0.18980.4384-0.33760.18280.11970.0140.1643-0.14530.13370.29410.0704-0.02520.27780.03910.236224.75754.664545.3751
98.4952-4.0329-1.062.76763.19518.67091.24223.2072-1.3113-2.2543-1.9407-1.50210.5228-0.05410.42760.71070.24640.16370.8194-0.04520.762524.00225.363234.9261
101.0842-0.561-1.91593.15783.8819.45850.03910.0659-0.01310.2211-0.33430.3129-0.151-0.69740.31160.39320.0690.04660.34590.05720.326513.415715.488557.6169
112.8764-0.4588-0.8168.81450.41772.56350.76670.72450.5288-0.8313-0.7543-1.2609-1.00721.1860.1240.8839-0.08770.13910.4820.04290.649323.607927.257260.4885
124.83321.7704-4.85252.3318-1.85654.860.58060.38881.2617-0.013-0.37790.1713-1.3333-0.651-0.57040.97660.09420.03620.5408-0.00880.648114.020231.484864.8169
134.27220.7332.22788.77230.32398.3647-0.0048-1.71852.55130.1215-0.4639-0.7652-1.09090.65960.43760.915-0.11550.04930.5791-0.11060.776220.385228.285274.5158
141.74830.76020.48676.34645.08634.03090.2286-0.4091-0.22190.9308-0.48680.14430.6679-0.46460.28470.52630.06550.07120.49380.09120.366115.244310.137467.048
154.18972.918-2.7573.2478-3.74854.66060.22050.00740.14490.7632-0.1280.141-0.25930.3329-0.11090.33270.06920.02730.3336-0.01560.281628.491710.034252.4174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 54 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 55 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 98 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 99 through 125 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 126 through 149 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 11 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 17 through 54 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 55 through 70 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 83 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 84 through 104 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 105 through 125 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 126 through 152 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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