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- PDB-4rgv: Crystal structure of the Methanocaldococcus jannaschii G1PDH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgv
タイトルCrystal structure of the Methanocaldococcus jannaschii G1PDH
要素Glycerol-1-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Rossman fold / Metal Ion Binding / NADP(H) binding / Zn binding / sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NADP+) activity / sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase / glycerophospholipid metabolic process / phospholipid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol-1-phosphate dehydrogenase, archaea / Glycerol-1-phosphate dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Glycerol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Glycerol-1-phosphate dehydrogenase, archaea / Glycerol-1-phosphate dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Glycerol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Carbone, V. / Ronimus, R.S. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure and Evolution of the Archaeal Lipid Synthesis Enzyme sn-Glycerol-1-phosphate Dehydrogenase.
著者: Carbone, V. / Schofield, L.R. / Zhang, Y. / Sang, C. / Dey, D. / Hannus, I.M. / Martin, W.F. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32015年9月30日Group: Data collection
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase
B: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4146
ポリマ－82,2352
非ポリマー1794
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.765, 59.552, 119.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUAA2 - 6335 - 96
21ILEILELEULEUBB2 - 5935 - 92
12LEULEUVALVALAA63 - 11296 - 145
22LEULEUVALVALBB63 - 11296 - 145
13GLNGLNVALVALAA116 - 334149 - 367
23GLNGLNVALVALBB116 - 334149 - 367

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Glycerol-1-phosphate dehydrogenase / G1P dehydrogenase / G1PDH / Enantiomeric glycerophosphate synthase / sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase


分子量: 41117.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: egsA, MJ0712 / プラスミド: pET151D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3)
参照: UniProt: Q58122, sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (v/v) P550MME/P20K, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月26日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.07 Å / Num. all: 25465 / Num. obs: 25920 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.45→2.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3089 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CE9

3ce9


解像度: 2.45→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 25.488 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.609 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23074 1318 5.1 %RANDOM
Rwork0.19282 ---
all0.19488 25465 --
obs0.1928 24057 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----2.85 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5164 0 4 20 5188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9857071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.503312135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3515656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67724.653202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.074151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7361523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.193.1752639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.193.1742638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3434.7573290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3424.7573291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6413.4362611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6413.4362611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9245.0613781
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.41325.3256051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.41325.3216051
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A27220.2
12B27220.2
21A24120.13
22B24120.13
31A126530.16
32B126530.16
LS精密化 シェル解像度: 2.455→2.519 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 87 -
Rwork0.275 1733 -
obs-1733 94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18580.6395-0.74262.7221-1.17632.968-0.0382-0.13390.05020.21230.16980.2133-0.1858-0.5735-0.13160.2470.03540.03330.29140.0190.018420.84280.072644.109
21.541-0.27660.14542.9239-0.31132.58220.04670.3487-0.0797-0.3258-0.0421-0.31080.12550.1132-0.00450.2849-0.05580.06620.2138-0.03470.04633.4428-14.112115.9382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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