PDB-4rgp: Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rgp

タイトル

Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated Protein Csm6 from Streptococcus mutans

要素

Csm6_III-A

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / 4 helix bundle

機能・相同性

CRISPR-associated protein Csm6 / Cas_Csm6 HEPN domain / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / : / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.299 Å

データ登録者

Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated Protein Csm6 from Streptococcus mutans
著者: Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rgp.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rgp.ent.gz	194.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rgp_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rgp_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	4rgp_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	4rgp_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dpn-1 3dpn-2 5mqp-3 5mqp-5 4jkk-d 4e99-d 3lc6-2 4go6-d 3ddl-d 1kxv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111139

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Csm6_III-A

B: Csm6_III-A

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.511, 78.238, 92.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Csm6_III-A 分子量: 30666.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: I6U2G5, UniProt: Q8DTU7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 24863 / Num. obs: 24863 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1189 / R_sym value: 0.767 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1745)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.299→34.735 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1939	8.01 %	random
R_work	0.196	-	-	-
all	0.2	24220	-	-
obs	0.2	24220	97.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.299→34.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4278	0	29	135	4442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.613	6004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3	1667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	663
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	777

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.2986-2.3561	0.3143	119	0.2647	1438	1557	90
2.3561-2.4197	0.3169	135	0.259	1524	1659	94
2.4197-2.4909	0.3292	128	0.2525	1531	1659	95
2.4909-2.5713	0.2911	130	0.2516	1515	1645	94
2.5713-2.6632	0.2572	138	0.2295	1560	1698	97
2.6632-2.7698	0.2742	137	0.2194	1587	1724	97
2.7698-2.8957	0.2497	142	0.2261	1597	1739	98
2.8957-3.0483	0.2762	135	0.2253	1595	1730	99
3.0483-3.2392	0.2722	140	0.21	1611	1751	99
3.2392-3.4891	0.2282	144	0.2049	1628	1772	99
3.4891-3.8398	0.2512	146	0.1799	1631	1777	100
3.8398-4.3945	0.2059	150	0.1573	1658	1808	100
4.3945-5.533	0.2116	140	0.1655	1683	1823	100
5.533-34.7386	0.2267	155	0.1847	1723	1878	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6692	0.2611	0.5495	0.5319	0.0543	0.7681	0.048	0.3999	0.526	-0.8422	-0.0757	0.0704	-0.1129	-0.6477	0.0651	0.5907	0.0444	-0.1753	0.4992	-0.0195	0.5933	5.1044	63.8271	53.825
2	2.5833	-0.7731	0.8259	3.2768	0.1262	1.4906	0.03	0.3374	0.3783	-0.2929	-0.1036	-0.2184	-0.028	0.283	0.028	0.3291	-0.0137	-0.0002	0.2878	0.0534	0.24	24.8045	60.0249	59.1166
3	3.5831	0.0874	-0.2183	1.8971	-0.3445	5.7078	0.1783	0.1451	-0.6036	-0.2927	0.1177	-0.7646	0.7661	-0.0336	-0.213	0.4769	0.0841	0.0464	0.3636	-0.0687	0.5585	46.2196	42.2778	63.5099
4	0.8198	-0.0205	0.6559	1.9397	-0.0042	1.4896	-0.1525	-0.0618	0.0166	0.23	0.1667	0.0119	0.2001	-0.1571	-0.0327	0.3113	0.0222	0.0314	0.3586	-0.0177	0.1983	21.9032	50.7204	69.5962
5	0.6932	0.3799	0.1306	2.1471	0.4492	0.8159	-0.1398	-0.841	0.2566	0.0186	-0.0893	0.7995	-0.4434	-0.0832	0.1697	0.4249	0.0659	0.0394	0.5952	-0.1283	0.6048	-3.0043	52.3159	64.0165
6	1.6116	0.2025	-0.6632	1.75	0.7092	1.8243	0.0412	-0.0459	0.0103	0.3877	-0.1812	0.5362	0.1047	-0.0795	0.1431	0.306	-0.0199	0.0455	0.3202	-0.0297	0.3456	5.1674	35.3634	57.0352
7	3.4333	-0.5897	1.1974	3.812	-1.1674	3.7883	0.3188	-0.0717	-0.7858	0.4269	-0.1236	-0.9822	0.5679	0.6562	-0.0509	0.3701	0.0263	-0.1498	0.3546	0.061	0.5429	27.5135	18.6238	48.9576
8	0.6243	1.1207	0.7294	2.2449	1.5926	1.0457	-0.1711	-0.1464	-0.0447	-0.2131	0.2794	-0.3716	-0.2888	0.4461	-0.0777	0.4254	-0.0386	0.0411	0.4761	0.021	0.2425	23.9881	42.3169	43.8774
9	0.9377	-1.0061	-0.8956	1.3714	0.6623	0.9672	0.0392	0.2762	0.0074	-0.3421	-0.2403	0.739	-0.3339	-0.2395	0.1514	0.2765	0.025	-0.0263	0.4127	-0.0703	0.4258	2.3111	39.3223	48.2837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 254 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 116 through 176 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 177 through 216 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 217 through 254 )

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