PDB-4rga: Phage 1358 receptor binding protein in complex with the trisaccha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rga

タイトル

Phage 1358 receptor binding protein in complex with the trisaccharide GlcNAc-Galf-GlcOMe

要素

Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

キーワード

VIRAL PROTEIN / alpha/beta protein / phage receptor binding protein / Lactococcus lactis SMQ388

機能・相同性

Viral head domain of polysaccharide receptor-binding protein-like / Triple-stranded beta-helix / Phage fibre proteins / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Putative phage structural protein

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Mccabe, O. / Farenc, C. / Tremblay, D. / Blangy, S. / Oscarson, S. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: The targeted recognition of Lactococcus lactis phages to their polysaccharide receptors.
著者: McCabe, O. / Spinelli, S. / Farenc, C. / Labbe, M. / Tremblay, D. / Blangy, S. / Oscarson, S. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2014年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4rga.ent.gz	273 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rga_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rga_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rga	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4l92S 4l97 4l99 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l97-2 4rgg-1 4l97-1 4l99-1 4l99-2 4uir-d 4j16-d 4j1t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

B: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

ヘテロ分子

87.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

ヘテロ分子

A: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

ヘテロ分子

A: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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132 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.370, 166.370, 166.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質

Phage 1358 receptor binding protein (ORF20)

分子量: 43342.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus phage 1358 (ファージ)
遺伝子: ORF20 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-galactofuranose-(1-6)-methyl alpha-D-glucopyranoside

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 559.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DGalfb1-6DGlcp[1Me]a1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_1OC][a2112h-1b_1-4][a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3/a6-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][b-D-Galf]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13 mg/ml in a solution containing 10 mM Zinc Sulfate Heptahydrate, 100 mM MES buffer pH 6.5., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月10日
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48 Å / Num. all: 89232 / Num. obs: 89232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7218 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4L92

4l92

解像度: 2.1→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9484 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9483 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1918	4462	5 %	RANDOM
R_work	0.1805	-	-	-
all	0.1811	-	-	-
obs	0.1811	89232	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.237 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6056	0	76	841	6973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6292	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	8586	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	2128	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	174	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	918	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	6292	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.03
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	864	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	7667	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	327	5 %
R_work	0.1878	6213	-
all	0.1887	6540	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0992	0.0701	0.4292	0	0.0592	0.185	0.001	0.0089	0.0017	0.0004	0	-0.0008	0.0039	-0.0064	-0.0011	0.0055	-0.0382	-0.0372	0.0007	-0.0266	0.0007	-61.1618	-48.3413	-46.9941
2	0.1109	0.3738	0.1506	0.5537	0.9775	0.2377	0.0004	0.0096	-0.016	-0.0018	0.0054	-0.0179	0.0059	-0.0021	-0.0058	-0.0046	-0.0088	0.0162	-0.025	-0.047	0.0151	-38.1815	-35.2655	-61.5309
3	0	-0.001	-0.2012	0.1176	0.2892	0.0324	-0.0021	0.0192	-0.0024	-0.007	0	-0.004	-0.0031	0.0077	0.0021	0.0046	0.0044	-0.0097	-0.0177	-0.0661	0.0164	-40.4645	-38.0496	-66.1527
4	0.0215	1.3736	1.5299	0	-0.1817	1.3081	0.004	0.0302	-0.0202	-0.0166	-0.0129	0.0071	-0.0164	-0.0115	0.0089	0.0203	-0.0515	-0.0867	-0.0168	-0.0862	-0.0368	-49.2565	-36.9533	-69.0379
5	0	0.5817	0.466	0.265	0.2851	0.2255	-0.0037	0.0117	-0.0118	-0.0152	-0.0002	0.0195	-0.0097	-0.0049	0.0039	0.0285	0.0052	-0.0754	-0.0091	0.0052	-0.0183	-50.2391	-25.3123	-57.4599
6	0.0273	0.152	0.088	0	-0.1686	0.1019	0.0004	0.0125	0.0012	-0.0226	0.0064	0.0076	-0.012	0.0125	-0.0068	0.0275	-0.0248	0.0327	0.0126	-0.0304	-0.0389	-37.4414	-24.0521	-65.6572
7	0.6737	-0.2047	-0.1783	0.215	-0.1821	0.1254	0.0096	0.0105	0.0063	0.0032	-0.0176	-0.0118	-0.035	0.0235	0.0079	-0.0011	-0.0488	-0.0078	-0.0713	0.02	0.0446	-25.3003	-20.1026	-40.8666
8	0.3073	-0.2069	-0.3771	0.1525	-0.2449	0.1156	0.004	0.0023	0.0168	-0.0154	-0.0094	-0.0295	-0.0248	0.0378	0.0054	0.0043	-0.0464	0.0513	-0.0438	0.0408	0.0339	-19.8622	-16.3954	-44.7007
9	0.0084	-0.0415	0.2958	0.6117	0.3801	0.1506	0.0062	-0.0206	0.0233	-0.001	0.0062	-0.0545	-0.0265	-0.0019	-0.0123	0.0293	-0.0523	0.0253	-0.0399	0.0267	0.0005	-25.6555	-13.7799	-35.3066
10	0.332	0.2017	0.3972	0.7776	0.4558	0.1753	0.0172	-0.0132	0.0629	-0.0012	0	-0.0142	-0.062	0.0059	-0.0173	0.0425	-0.0202	0.0169	-0.0286	-0.005	-0.0307	-31.5153	-9.9839	-30.833
11	0.0402	-0.046	0.4022	0.4272	0.3162	0.0723	0.0044	-0.0176	0.0176	0.0145	0.0101	-0.0369	-0.0181	0.0105	-0.0145	0.0168	-0.0461	-0.0013	-0.0182	-0.0002	-0.0099	-27.9953	-16.2035	-31.2409
12	0.0383	-0.1302	0.0234	0.1949	-0.2824	0.2235	-0.0001	-0.0088	0.0031	0.0018	0.0012	-0.0006	-0.0032	0.0038	-0.0011	0.0184	-0.0481	-0.0171	-0.0254	-0.0361	0.0116	-21.3701	-1.9451	-26.5751
13	0.0131	0.3576	-0.1018	0.0373	0.2889	0	0.0011	0.0009	0.0006	0.0002	-0.003	-0.0042	-0.0011	0.0017	0.0019	-0.0056	-0.0687	-0.0137	-0.0209	-0.0084	0.0272	-10.9026	-3.0593	-30.3831
14	0.0589	-0.5417	-0.05	0.7781	0.1544	0.2575	0.0019	-0.0051	0.0004	-0.0014	0.006	-0.0181	-0.0211	-0.0143	-0.0079	-0.0225	-0.0332	-0.0198	-0.0294	0.0253	0.0205	-31.3715	-21.4052	-35.2367
15	0.0012	-0.0236	-0.0723	0	0.0571	0.0363	0.0002	-0.0007	-0.0002	-0.0025	0.0008	0.0042	-0.0009	-0.0031	-0.001	0.008	0.0068	0.0268	0.0064	-0.0033	-0.0113	-47.508	-19.4811	-30.5164
16	0.0536	-0.3186	-0.1727	0.1239	0.0977	0	0.0011	-0.0012	-0.0089	-0.0029	0.0007	-0.004	0.0014	-0.0011	-0.0018	0.0032	0.0314	0.0427	0.002	-0.0227	-0.0013	27.6577	-14.0235	-97.3693
17	0.1138	-0.0779	-1.0355	0.0906	1.1523	0.2179	0.0002	0.0127	-0.0046	-0.0047	-0.002	0.0017	0.0025	-0.0262	0.0018	0.005	0.0454	0.031	0.0044	-0.0561	-0.0179	3.5224	-28.1134	-86.0844
18	0	-0.0592	-0.2973	0.0205	0.4249	0	-0.0009	0.0049	-0.0087	-0.0004	0.0044	0.005	0.009	-0.0108	-0.0035	0.0028	0.0425	0.017	0.0045	-0.0478	-0.0104	5.7385	-32.6895	-88.9859
19	0.0419	-1.1873	-1.5904	1.497	-0.0424	0.0034	0.0008	0.026	-0.0151	0.0109	0.0133	-0.0051	0.011	0.0075	-0.0141	0.0194	0.105	0.0798	-0.0411	-0.0947	-0.0157	14.3512	-36.0252	-87.6039
20	0.025	-0.5688	-0.8886	0.2736	0.4042	0.1231	-0.0039	0.01	-0.0026	0.0114	0.0031	-0.0053	0.0088	0.0131	0.0009	0.0329	0.1164	0.0256	-0.0465	-0.0217	0.0032	15.2472	-25.0777	-75.3967
21	0.0138	-0.3384	-0.7187	0.2431	0.137	0	0.0021	-0.0027	-0.0087	0.0072	-0.0078	0.0079	0.0137	-0.012	0.0057	0.0282	0.0287	0.0393	-0.0391	-0.0476	0.0105	2.0557	-32.7122	-75.1319
22	0.2857	-0.4173	-0.3087	0.6411	0.2001	0.0471	0.0087	0.0274	-0.0177	0.0164	-0.0109	-0.0123	0.0163	0.0209	0.0023	0.0489	0.0054	0.0024	-0.0224	-0.0234	-0.0318	-9.1338	-7.5859	-70.5483
23	0.122	0.0102	-0.6368	0.2908	-0.1419	0.2045	0.0073	0.0015	-0.0153	0.0051	-0.007	0.0062	0.053	0.0007	-0.0004	0.0644	-0.0035	0.0186	-0.0462	-0.006	-0.018	-14.9749	-11.3426	-67.267
24	0.4688	-0.0627	-0.2086	0.4988	0.1237	0.1842	0.0055	0.0039	0.0011	0.0036	-0.0092	-0.0082	0.0391	-0.0034	0.0037	0.0358	0.0324	0.0093	-0.0372	0.0082	-0.0184	-8.9189	-2.3251	-63.9152
25	0.2394	0.3042	-0.149	0.3823	0.3039	0.7524	0.0114	-0.0249	0.0195	0.0369	-0.0173	0.0112	0.0717	0.0523	0.006	0.0058	0.0507	-0.0157	-0.0696	-0.0229	0.0126	-3.0357	1.6884	-59.6913
26	0.2593	0.2839	-0.2224	0.2644	0.3781	0.5074	-0.001	0.0144	-0.0014	-0.0007	0.0047	-0.0161	0.042	0.0194	-0.0037	0.0185	0.0439	0.0169	-0.0413	0.0085	0.0025	-6.2387	1.691	-66.083
27	0	-0.3672	0.3661	0.1495	-0.2505	0.2275	0.001	-0.006	0.0036	0.01	-0.0032	-0.0002	-0.0038	0.0035	0.0022	0.0231	0.0217	0.0076	-0.0075	-0.022	-0.0126	-13.308	6.1121	-51.9771
28	0.0004	0.0937	0.0912	0.1191	0.0249	0.0216	0.0018	-0.0003	0.0046	0.0019	0.0007	-0.0018	-0.0004	-0.0048	-0.0025	0.0375	-0.0328	0.0355	-0.0337	0.0348	-0.006	-23.8594	2.8253	-53.7336
29	0.0001	0.0828	-0.0693	0.4251	0.2217	0.0606	0.004	0.0071	0.0028	0.0045	-0.0098	-0.0285	0.0279	0.0072	0.0058	-0.001	0.0551	0.0115	0.002	0.0174	-0.0107	-2.789	-2.222	-71.2927
30	0.0209	0.0428	0.0161	0.0401	-0.0452	0	0	-0.0008	-0.0004	-0.0004	-0.0003	-0.0015	-0.0011	0.002	0.0003	-0.0116	0.0076	-0.0065	-0.0029	0.0054	0.017	13.4231	1.5978	-68.3689
31	0	-0.0597	-0.0201	0	-0.0269	0.0275	0.0005	-0.0013	0.001	0.0002	-0.0014	0.0012	0.0019	0.0007	0.001	0.0072	0.0128	0.0018	-0.0014	-0.0026	-0.0028	-4.4914	-8.6045	-53.3823
32	0	0.0034	0.033	0.0184	0.0112	0	0.0002	-0.0005	0.0006	-0.0008	0.0001	0.0018	-0.0007	0.0007	-0.0002	0.006	-0.0043	-0.0015	-0.0055	-0.0058	0.0032	-30.8042	-3.0345	-41.1754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|17 }	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|18 - A\|53 }	A	18 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|54 - A\|78 }	A	54 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|79 - A\|116 }	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|117 - A\|143 }	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|144 - A\|170 }	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|171 - A\|206 }	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|207 - A\|236 }	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|237 - A\|269 }	A	237 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|270 - A\|319 }	A	270 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|320 - A\|343 }	A	320 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|344 - A\|355 }	A	344 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|356 - A\|366 }	A	356 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|367 - A\|387 }	A	367 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|388 - A\|393 }	A	388 - 393
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ B\|2 - B\|17 }	B	2 - 17
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ B\|18 - B\|53 }	B	18 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ B\|54 - B\|78 }	B	54 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ B\|79 - B\|116 }	B	79 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ B\|117 - B\|143 }	B	117 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ B\|144 - B\|170 }	B	144 - 170
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ B\|171 - B\|206 }	B	171 - 206
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ B\|207 - B\|236 }	B	207 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ B\|237 - B\|269 }	B	237 - 269
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ B\|270 - B\|319 }	B	270 - 319
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ B\|320 - B\|343 }	B	320 - 343
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ B\|344 - B\|355 }	B	344 - 355
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ B\|356 - B\|366 }	B	356 - 366
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ B\|367 - B\|387 }	B	367 - 387
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ B\|388 - B\|393 }	B	388 - 393
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ B\|401 - B\|401 }	B	401
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ A\|401 - A\|401 }	A	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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