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- PDB-4rfs: Structure of a pantothenate energy coupling factor transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfs
タイトルStructure of a pantothenate energy coupling factor transporter
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
  • Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • Substrate binding pritein S
キーワードHYDROLASE / TRANSPORT PROTEIN / Transporter / ECF
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. ...: / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / : / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Predicted membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.232 Å
データ登録者Zhang, M. / Bao, Z. / Zhao, Q. / Guo, H. / Xu, K. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a pantothenate transporter and implications for ECF module sharing and energy coupling of group II ECF transporters.
著者: Zhang, M. / Bao, Z. / Zhao, Q. / Guo, H. / Xu, K. / Wang, C. / Zhang, P.
履歴
登録2014年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
S: Substrate binding pritein S
T: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8764
ポリマ－116,8764
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12320 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area41980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.726, 145.240, 157.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / ECF transporter A component EcfA2


分子量: 32176.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03PY6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ECF transporter A component EcfA1


分子量: 30550.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03PY5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質 Substrate binding pritein S


分子量: 22209.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: LVIS_0658 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03SM0
#4: タンパク質 Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter T component EcfT


分子量: 31939.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03PY7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Tris, 20% PEG2000, 15% glycerol, 0.2M MgCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→37.5 Å / Num. obs: 28312 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.232→37.5 Å / SU ML: 1.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 1418 5.01 %
Rwork0.2261 --
obs0.2291 28312 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.77 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.8835 Å20 Å20 Å2
2--51.3715 Å20 Å2
3---34.2712 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.232→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7601 0 0 0 7601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47610588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1882825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2322-3.34770.40131180.28742500X-RAY DIFFRACTION92
3.3477-3.48160.36331400.26572634X-RAY DIFFRACTION97
3.4816-3.63990.33971440.23332649X-RAY DIFFRACTION97
3.6399-3.83170.33141300.20682679X-RAY DIFFRACTION97
3.8317-4.07150.25241300.18752692X-RAY DIFFRACTION97
4.0715-4.38540.27711430.1692679X-RAY DIFFRACTION98
4.3854-4.82590.22851480.17092728X-RAY DIFFRACTION99
4.8259-5.52230.2781500.22492776X-RAY DIFFRACTION100
5.5223-6.95030.32191450.26842800X-RAY DIFFRACTION100
6.9503-37.54480.28361700.25042757X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.838 Å / Origin y: 170.9193 Å / Origin z: 186.2089 Å
111213212223313233
T0.3387 Å20.0595 Å2-0.0051 Å2-0.5111 Å20.0552 Å2--0.6183 Å2
L1.2559 °20.3254 °2-0.5405 °2-1.0551 °2-0.7975 °2--1.5439 °2
S0.1445 Å °-0.4246 Å °-0.0342 Å °0.1325 Å °-0.1034 Å °-0.0519 Å °0.0139 Å °0.4001 Å °-0.0481 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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