PDB-4rf9: Crystal structure of double-domain arginine kinase from Anthopleu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rf9

タイトル

Crystal structure of double-domain arginine kinase from Anthopleura japonicas in complex with L-arginine and ATPgS

要素

Arginine kinase

キーワード

TRANSFERASE / double domain / tandem domain / phosphagen kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anthopleura japonica (ヨロイイソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Wang, Z. / Qiao, Z. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of a double-domain phosphagen kinase reveals an asymmetric arrangement of the tandem domains.
著者: Wang, Z. / Qiao, Z. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2014年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rf9.cif.gz	561.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rf9.ent.gz	462.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rf6SC 4rf7C 4rf8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rf7-1 4rf8-1 4rf6-2 4rf8-2 4rf7-2 1j3h-d 5oes-3 5y6l-d 5x9c-d 5oes-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine kinase

B: Arginine kinase

ヘテロ分子

162 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Arginine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.263, 59.483, 162.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginine kinase / AK 分子量: 80442.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anthopleura japonica (ヨロイイソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15992, arginine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20mM HEPES, 50mM NaCl, 10mM L-arginine, 10mM ATPgS, 0.2M Potassium Acetate, 20% PEG3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→48 Å / Num. all: 62383 / Num. obs: 60449 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4RF6

4rf6

解像度: 2.35→47.955 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	3036	5.05 %
R_work	0.1993	-	-
obs	0.2017	60158	95.38 %
all	-	63069	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10878	0	63	571	11512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	15062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.878	4235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1957

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3821	0.3575	99	0.2634	2071	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3821-2.4212	0.3103	126	0.2543	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4212-2.4629	0.2713	153	0.2507	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4629-2.5077	0.307	156	0.2492	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5077-2.5559	0.3156	147	0.2557	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5559-2.6081	0.316	124	0.2605	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6081-2.6648	0.423	143	0.3252	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6648-2.7268	0.3515	129	0.2795	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7268-2.795	0.4184	131	0.2811	2658	X-RAY DIFFRACTION	97
2.795-2.8705	0.3486	124	0.2451	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8705-2.955	0.3493	146	0.2398	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
2.955-3.0503	0.3098	142	0.2233	2593	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0503-3.1593	0.3013	146	0.2176	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1593-3.2858	0.2579	130	0.224	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2858-3.4353	0.2626	147	0.1995	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4353-3.6164	0.2736	134	0.1908	2632	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6164-3.8429	0.2243	155	0.1782	2564	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8429-4.1394	0.1986	135	0.17	2588	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1394-4.5557	0.1963	135	0.1545	2486	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5557-5.2142	0.2099	137	0.1656	2574	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2142-6.5667	0.2159	154	0.1889	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
6.5667-47.9646	0.1862	143	0.1743	2702	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1526	-0.3631	0.0368	2.2279	-0.614	1.9543	0.1803	0.373	0.1342	-0.4633	-0.1374	-0.3469	0.3348	0.4471	-0.0426	0.3991	0.1067	0.098	0.4927	0.0261	0.3596	29.0037	9.1606	-29.212
2	1.052	-0.33	0.1804	0.9486	-0.2126	2.1604	0.0344	-0.1667	0.0587	-0.0699	0.0655	0.0468	0.1392	-0.1427	-0.0898	0.2499	-0.0078	0.0435	0.2976	0.0268	0.2528	16.4692	9.904	-5.5118
3	0.2993	0.0753	0.8916	0.2403	0.8943	3.1888	0.23	0.1975	-0.1011	0.1128	0.0722	-0.2482	0.8814	0.8171	-0.2061	0.392	0.133	-0.0158	0.4611	0.0272	0.4099	37.2048	4.1935	18.6142
4	1.3204	-0.3355	-0.0226	1.0129	0.8512	3.3165	0.0204	0.2113	0.1964	-0.2339	-0.1108	-0.0957	-0.6498	-0.0699	0.0697	0.3073	0.0195	0.0274	0.293	0.0737	0.3314	24.0266	26.9004	31.7393
5	0.6714	-0.4237	-0.0046	1.5699	0.5797	1.3163	0.0707	0.076	0.1552	-0.3512	-0.1485	-0.2206	-0.5278	-0.3388	0.0435	0.342	0.068	0.032	0.2738	0.0385	0.3068	20.0051	30.7665	37.7535
6	0.7704	0.6461	-0.3771	0.5792	-0.2924	0.3215	-0.1493	-0.2335	0.5224	-0.1796	0.2313	-0.8865	-0.3259	0.0304	-0.1076	0.4308	-0.0536	0.0067	0.3046	-0.0571	0.909	30.5099	43.4465	48.0218
7	0.8451	-0.29	0.2927	1.5758	-0.6696	2.2217	-0.043	0.0411	-0.0171	-0.1403	-0.0442	-0.0772	0.228	-0.0716	0.0671	0.2359	0.0037	0.0095	0.2199	-0.012	0.2517	1.8787	28.9908	122.1567
8	0.3973	0.3191	-0.5748	0.3736	-0.4619	2.5492	0.169	0.0271	0.1683	0.0572	-0.012	0.0806	-0.7933	-0.481	-0.0668	0.602	0.1269	0.0036	0.3483	0.0067	0.3675	2.1533	49.3441	95.3902
9	0.6242	-0.6595	-0.7194	1.2601	0.1968	2.3415	-0.1336	-0.2029	0.0564	0.4136	0.0722	-0.22	0.0198	0.1817	0.0614	0.4067	0.0249	-0.145	0.2742	-0.015	0.3072	23.0162	30.3318	75.203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:63 )	A	1 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 64:290 )	A	64 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 291:405 )	A	291 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 406:578 )	A	406 - 578
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 579:642 )	A	579 - 642
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 643:712 )	A	643 - 712
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:290 )	B	1 - 290
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 291:393 )	B	291 - 393
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 394:712 )	B	394 - 712

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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