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万見
- PDB-4rep: Crystal Structure of gamma-carotenoid desaturase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rep
タイトルCrystal Structure of gamma-carotenoid desaturase
要素Gamma-carotene desaturase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / Rossmann fold / FAD-binding / DESATURASE / gamma-carotenoid desaturase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-hydroxycarotenoid 3,4-desaturase / carotenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid/retinoid oxidoreductase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-hydroxycarotenoid 3,4-desaturase
類似検索 - 構成要素
生物種Nonlabens dokdonensis DSW-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ahn, J.-W. / Kim, E.-J. / Kim, S. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of 1'-OH-carotenoid 3,4-desaturase from Nonlabens dokdonensis DSW-6.
著者: Ahn, J.W. / Kim, K.J.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-carotene desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7883
ポリマ－55,9101
非ポリマー8782
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.369, 72.835, 68.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gamma-carotene desaturase


分子量: 55910.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens dokdonensis DSW-6 (バクテリア)
遺伝子: DDD_2394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: L7WC64, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG3350, 0.1 M succinic acid, pH 7.0, 50 mM dimethylbenzylammonium propane sulfonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 7A (6B, 6C1)11
シンクロトロンSPring-8 BL26B120.97939
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 270r1CCD2011年12月14日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2012年3月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979391
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 30536 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.368 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.97-22.10.26813250.8261,283.8
2-2.042.20.23714110.8361,291
2.04-2.082.40.22214910.8781,293.1
2.08-2.122.50.22214740.9491,296
2.12-2.172.50.2114890.871,296.2
2.17-2.222.70.19515340.9541,297.4
2.22-2.272.70.18315301.0081,297.5
2.27-2.342.80.17215121.1441,298
2.34-2.42.90.14315231.0631,298
2.4-2.482.90.13415371.0691,298
2.48-2.572.90.11915751.1571,298.4
2.57-2.6730.11115341.1481,299.3
2.67-2.83.10.09615371.2121,299
2.8-2.943.20.08715821.2611,298.9
2.94-3.133.30.06915501.2881,299.4
3.13-3.373.40.0615671.5091,299.6
3.37-3.713.50.06115732.2151,299.7
3.71-4.243.60.05515732.6671,299.9
4.24-5.353.70.03815931.7451,299.7
5.35-503.60.03216261.5311,299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.547 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 1535 5 %RANDOM
Rwork0.1602 ---
obs0.1634 28990 96.94 %-
all-30525 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.26 Å2 / Biso mean: 28.437 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å2-1.48 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3889 0 59 262 4210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9735501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84838835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3924.725182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92515702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2982.6491959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2952.6471958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5083.9642448
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 93 -
Rwork0.224 1883 -
all-1976 -
obs--84.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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