+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rep | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of gamma-carotenoid desaturase | ||||||
Components | Gamma-carotene desaturase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / Rossmann fold / FAD-binding / DESATURASE / gamma-carotenoid desaturase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1-hydroxycarotenoid 3,4-desaturase / carotenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Nonlabens dokdonensis DSW-6 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Ahn, J.-W. / Kim, E.-J. / Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
Citation | Journal: Enzyme.Microb.Technol. / Year: 2015 Title: Crystal structure of 1'-OH-carotenoid 3,4-desaturase from Nonlabens dokdonensis DSW-6. Authors: Ahn, J.W. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rep.cif.gz | 117.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4rep.ent.gz | 88.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rep.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rep_validation.pdf.gz | 714.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4rep_full_validation.pdf.gz | 721.7 KB | Display | |
Data in XML | 4rep_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4rep_validation.cif.gz | 32.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4rep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4rep | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 55910.215 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nonlabens dokdonensis DSW-6 (bacteria) / Gene: DDD_2394 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: L7WC64, Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With unknown physiological acceptors |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.91 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 14% PEG3350, 0.1 M succinic acid, pH 7.0, 50 mM dimethylbenzylammonium propane sulfonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. obs: 30536 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.368 / Net I/σ(I): 11.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.97→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.547 / SU ML: 0.127 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.173 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.26 Å2 / Biso mean: 28.437 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→48.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
|