PDB-4rdv: The structure of N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rdv

タイトル

The structure of N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase from Pseudomonas aeruginosa complexed with N-formimino-L-Aspartate

要素

N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE FOLD / N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE / N-FORMIMINO-L-ASPARTATE

機能・相同性

機能・相同性情報

formimidoylglutamate deiminase / formimidoylglutamate deiminase activity / L-histidine catabolic process / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Marti-Arbona, R. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase from Pseudomonas aeruginosa complexed with N-formimino-L-Aspartate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Marti-Arbona, R. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2014年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rdv.cif.gz	699 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rdv.ent.gz	579.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rdw
類似構造データ	3mdu-2 4rdw-1 4rzb-d 3mdw-5 3mdw-6 2hre-2 3rq1-2 5upm-d 3aqi-d 4kla-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

B: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

C: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

D: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

B: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

D: N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	304.047, 67.248, 98.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	N-FORMIMINO-L-GLUTAMATE IMINOHYDROLASE 分子量: 49403.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA5106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HU77

-
非ポリマー , 6種, 1083分子

#2: 化合物	ChemComp-NFQ / N-[(E)-iminomethyl]-L-aspartic acid / N-formimino-L-Aspartate / N-ホルムイミドイル-L-アスパラギン酸分子量: 160.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.4M SODIUM PHOSPHATE, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.28192 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→45.509 Å / Num. obs: 119180 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→45.509 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1831	3585	3.01 %	RANDOM
R_work	0.1444	-	-	-
obs	0.1456	119180	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13836	0	69	1071	14976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	19315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.74	5148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1073	0.2358	145	0.1653	4088	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1073-2.1362	0.1748	140	0.1481	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1362-2.1667	0.211	143	0.1421	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1667-2.199	0.2085	132	0.1433	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.2334	0.2189	122	0.147	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2334-2.27	0.1691	150	0.1415	4398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.3091	0.2251	135	0.1448	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3091-2.3511	0.1955	137	0.1366	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3511-2.3963	0.1798	144	0.1389	4501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3963-2.4452	0.1967	137	0.1372	4389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4452-2.4984	0.1928	149	0.1489	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4984-2.5565	0.2344	146	0.1592	4411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5565-2.6205	0.2191	134	0.1567	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.6913	0.1817	130	0.1545	4501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6913-2.7705	0.1988	142	0.1494	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7705-2.8599	0.2132	132	0.1565	4423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8599-2.9621	0.2085	125	0.154	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9621-3.0807	0.2052	132	0.1539	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0807-3.2208	0.191	127	0.1569	4463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2208-3.3906	0.1675	141	0.1497	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3906-3.6029	0.1714	132	0.1369	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6029-3.881	0.1762	135	0.1349	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.881-4.2713	0.1504	140	0.1216	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2713-4.8887	0.1291	154	0.1202	4476	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8887-6.1569	0.1542	140	0.1501	4540	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1569-45.5195	0.1987	141	0.1609	4638	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3159	0.1244	-0.0834	0.3674	-0.1364	0.7313	-0.0128	-0.0294	0.0733	0.0191	0.0221	0.0038	-0.0613	-0.0834	-0	0.1413	0.0064	0.007	0.1024	-0.031	0.1039	32.5542	1.3251	38.88
2	1.3365	0.1531	-0.0787	0.6007	-0.0968	0.7484	0.0142	-0.0781	-0.0788	0.0595	-0.0464	-0.0987	0.0159	0.1004	0.0363	0.1333	0.0022	-0.0125	0.1028	-0.0164	0.1431	63.0677	-13.2606	30.9336
3	1.3051	0.0741	0.3224	0.3634	0.0469	0.8185	-0.0213	-0.105	0.0528	0.0011	0.0015	0.039	-0.0037	-0.1606	0.0182	0.1174	0.0089	0.0103	0.1434	-0.0151	0.0953	18.9598	-2.5093	-16.7954
4	1.2972	-0.0813	-0.0181	0.5775	0.0635	0.5918	-0.0209	-0.045	-0.1281	-0.0318	0.038	-0.0139	0.0671	-0.006	-0.0114	0.1293	-0.0035	-0.0025	0.0923	-0.0081	0.1313	40.749	-28.4374	-9.5968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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関連情報:EMDBヘッダ

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