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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rdi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA | ||||||
![]() | tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase | ||||||
![]() | LIGASE / Rossmann Fold / Dehydratase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 合成酵素; C-O結合を形成 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, S.Y. / Kim, S. / Lee, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of Escherichia coli TcdA (Also Known As CsdL) Reveals a Novel Topology and Provides Insight into the tRNA Binding Surface Required for N(6)-Threonylcarbamoyladenosine Dehydratase Activity. 著者: Kim, S. / Lee, H. / Park, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31236.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 70428 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 4.81 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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