PDB-4rdi: Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rdi

タイトル

Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA

要素

tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

キーワード

LIGASE / Rossmann Fold / Dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-O結合を形成 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Park, S.Y. / Kim, S. / Lee, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Structure of Escherichia coli TcdA (Also Known As CsdL) Reveals a Novel Topology and Provides Insight into the tRNA Binding Surface Required for N(6)-Threonylcarbamoyladenosine Dehydratase Activity.
著者: Kim, S. / Lee, H. / Park, S.

履歴

登録	2014年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rdi.cif.gz	210.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rdi.ent.gz	168.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rdi_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rdi_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4rdi_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	4rdi_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rdhC 4yedC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d7a-1 4d79-1 4rdh-2 4d7a-2 4rdh-1 4yed-1 5hgu-d 6bza-2 5m6b-3 6bzz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

B: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

C: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

D: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

B: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

D: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.710, 97.036, 84.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / t(6)A37 dehydratase 分子量: 31236.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tcdA, ygdL, csdL / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46927, 合成酵素; C-O結合を形成
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 70428 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 4.81 / R_sym value: 0.362 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.442 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20916	3545	5 %	RANDOM
R_work	0.15631	-	-	-
obs	0.15897	66826	98.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	-0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7286	0	148	610	8044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	7575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.028	1.986	10281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	16961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.803	5	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.617	23.401	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.201	15	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.201	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.405	2.331	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.405	2.33	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.409	3.473	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.409	3.475	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.393	2.758	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.392	2.758	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.017	3.956	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.446	20.137	9118
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.065	19.659	8800
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	271	-
R_work	0.195	4811	-
obs	-	-	96.98 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)