PDB-4rcw: Crystal structure of human Slitrk1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rcw

タイトル

Crystal structure of human Slitrk1

要素

SLIT and NTRK-like protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Leucine rich-repeat / synaptic adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / vocalization behavior / norepinephrine metabolic process / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of synapse assembly / neuron projection extension / homeostatic process / adult behavior / regulation of presynapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1925 Å

データ登録者

Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, D. / Lee, S.G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for LAR-RPTP/Slitrk complex-mediated synaptic adhesion.
著者: Um, J.W. / Kim, K.H. / Park, B.S. / Choi, Y. / Kim, D. / Kim, C.Y. / Kim, S.J. / Kim, M. / Ko, J.S. / Lee, S.G. / Choii, G. / Nam, J. / Heo, W.D. / Kim, E. / Lee, J.O. / Ko, J. / Kim, H.M.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	4rcw.cif.gz	196.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rcw.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rcw_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rcw_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
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CIF形式データ	4rcw_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rcaC 3m18S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c9f-1 2eta-2 2f37-2 6kl5-1 3l41-d 2eta-1 3p1m-4 5ltv-5 6kl2-1 3p1m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (7)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (4)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: SLIT and NTRK-like protein 1

B: SLIT and NTRK-like protein 1

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SLIT and NTRK-like protein 1

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SLIT and NTRK-like protein 1

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.607, 69.607, 409.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	SLIT and NTRK-like protein 1 / Leucine-rich repeat-containing protein 12 分子量: 27326.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLITRK1, KIAA1910, LRRC12, UNQ233/PRO266 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96PX8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Na-citrate, pH 5.5, 16% isopropanol, and 12% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99362 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99362 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1925→50 Å / Num. all: 10729 / Num. obs: 10569 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 107 Å² / Net I/σ(I): 35

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
3.1925-3.26	1	100
3.26-3.31	1	98.5
3.31-3.38	1	98.4
3.38-3.45	1	98.8
3.45-3.52	1	98.1
3.52-3.6	1	99
3.6-3.69	1	99.2
3.69-3.79	1	99.4
3.79-3.91	1	98.1
3.91-4.03	1	99.6
4.03-4.18	1	99
4.18-4.34	1	98.7
4.34-4.54	1	99.8
4.54-4.78	1	98.9
4.78-5.08	1	99.6
5.08-5.47	1	99.4
5.47-6.02	1	99.1
6.02-6.89	1	99.5
6.89-8.67	1	99.3
8.67-50	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3M18

3m18

解像度: 3.1925→48.567 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2975	509	4.82 %
R_work	0.2586	-	-
obs	0.2605	10568	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1925→48.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	0	3	3725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6	5136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.077	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1925-3.5137	0.3412	121	0.3093	2326	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5137-4.0219	0.3049	128	0.2651	2458	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0219-5.0664	0.3102	128	0.2291	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0664-48.5727	0.2751	132	0.2631	2749	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0021	0.0063	0.0066	-0.0006	-0.004	-0.005	0.0515	-0.0675	-0.1202	0.0871	0.0525	0.1226	0.0328	-0.0939	0	1.1141	0.2848	-0.1427	0.7441	-0.0978	0.56	9.8786	19.2537	-4.3838
2	-0.0009	0.016	0.0148	0.0057	0.0133	0.0126	0.0166	0.0221	0.1165	-0.0419	0.0156	-0.052	-0.002	-0.0449	-0	1.1309	0.3463	-0.2759	0.4949	-1.0824	-0.1248	9.3094	9.407	2.895
3	0.0078	-0.027	-0.0191	0.0123	0.0067	0.0219	-0.029	0.0815	-0.3555	-0.1386	0.2965	0.2426	-0.0239	0.0107	0	1.1905	0.2868	-0.2007	0.394	-0.4947	0.4646	16.4353	12.7106	5.2547
4	-0.0014	0.002	-0.0149	0.0154	0.0078	0.0079	-0.2062	0.1457	-0.1557	-0.1824	-0.1524	0.2109	0.1003	0.0689	0	0.9495	0.0718	-0.1542	0.1276	-0.3096	0.6508	19.9302	12.2895	11.0117
5	0.0515	-0.0735	-0.0247	0.065	-0.0236	0.0149	0.3978	-0.8842	-0.5647	-0.3947	-0.3792	-0.1785	-0.0155	0.0954	0	0.5869	0.17	-0.0004	0.0544	-0.26	0.5028	24.2442	22.4539	21.4059
6	-0.0025	-0.011	0.0036	0.0053	0.0132	0.0018	-0.0895	-0.064	-0.1273	0.0189	-0.0692	-0.0678	-0.0031	-0.0126	0	0.7106	0.2219	-0.0279	0.3503	-0.5642	0.1677	20.7282	27.5119	39.885
7	0.0196	0.0248	0.0173	0.0269	0.0067	0.0151	-0.3143	-0.1185	0.1956	0.0534	0.1051	0.0419	-0.3362	-0.0562	0	0.8482	0.0281	-0.0266	0.4014	-0.1973	0.6654	20.9327	34.8662	40.5136
8	0.0001	0.002	-0.0091	-0.0011	0.0056	-0.0045	0.1015	0.0105	0.0539	-0.0392	0.041	-0.0296	0.0506	0.0225	-0	1.2844	0.0301	0.3246	0.8845	-0.3212	0.9238	24.1864	36.5703	-0.7266
9	0.0045	0.007	0.0043	0.0031	-0.0233	0.0089	-0.1451	-0.0496	0.0181	-0.1107	-0.1779	-0.0446	-0.0354	0.0344	-0	1.3666	-0.0146	0.1086	0.3988	0.0588	0.8663	20.4715	45.0787	6.0076
10	-0.0061	0.0093	-0.0359	0.0079	-0.0436	0.0117	-0.3175	0.1788	0.0143	-0.0429	-0.1792	-0.2877	-0.0509	0.1924	0	2.0368	0.1715	0.1601	-0.0213	0.4694	0.3998	11.298	43.6922	7.3625
11	-0.0134	-0.0184	0.0126	0.0016	-0.0267	0.026	0.0406	-0.1615	0.044	0.1482	-0.0929	-0.0547	-0.0634	0.0006	0	1.6839	0.6759	-0.02	0.5438	0.274	0.2535	6.5558	38.2188	11.9542
12	-0.0079	-0.0023	0.0039	0.0087	0.0017	0.0134	0.0459	0.0936	0.0132	0.0142	0.0993	-0.0838	0.0373	-0.0905	0	1.2061	0.4926	-0.1158	0.7504	-0.0052	0.4426	2.5072	35.5772	7.2988
13	-0.0013	-0.0668	0.0153	0.0427	-0.0327	0.0312	0.1335	0.0908	0.0159	0.0087	-0.1913	0.1377	-0.0166	0.0723	-0	0.9528	0.4539	-0.2194	0.3044	-0.0598	0.497	-0.4934	33.2618	18.3729
14	-0.0069	-0.0122	0.008	0.0115	0.0107	-0.0043	0.063	0.0833	0.0976	0.0576	0.1806	0.0656	-0.0678	-0.0675	-0	0.4706	0.9324	-0.3604	-0.3592	-0.2312	0.9333	-6.2994	25.6719	21.9673
15	0.0018	0.0014	0.0031	-0.0139	-0.0063	0.002	0.0094	0.1028	-0.0397	0.022	0.0065	0.0237	-0.0202	0.0939	-0	0.7165	0.107	-0.0408	0.6262	-0.0669	0.5008	-4.4327	27.0694	34.0965
16	-0.0139	-0.0265	0.0044	0.0363	-0.0072	0.0074	-0.1582	0.0543	0.056	-0.0289	0.1652	0.1685	0.0925	0.0649	-0	0.6456	0.2374	-0.0672	0.5162	0.0123	0.8705	-4.9223	19.7293	34.4104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 342 through 358 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 359 through 376 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 377 through 402 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 403 through 422 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 423 through 525 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 526 through 537 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 538 through 579 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 343 through 358 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 359 through 378 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 379 through 422 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 423 through 440 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 441 through 453 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 454 through 505 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 506 through 525 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 526 through 537 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 538 through 579 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)