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- PDB-4rb3: Crystal structure of Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 Fur-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rb3
タイトルCrystal structure of Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 Fur-Mn2+-feoAB1 operator
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • DNA-binding transcriptional dual regulator of siderophore biosynthesis and transport(Fur family)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / ferric uptake regulator (FUR) / metal ion activation / operator recognition / cooperativity / broad substrate recognition / DNA shape readout / METAL BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of siderophore biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Ferric uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Deng, Z. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun
タイトル: Mechanistic insights into metal ion activation and operator recognition by the ferric uptake regulator.
著者: Deng, Z. / Wang, Q. / Liu, Z. / Zhang, M. / Machado, A.C. / Chiu, T.P. / Feng, C. / Zhang, Q. / Yu, L. / Qi, L. / Zheng, J. / Wang, X. / Huo, X. / Qi, X. / Li, X. / Wu, W. / Rohs, R. / Li, Y. / Chen, Z.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (25-MER)
B: DNA (25-MER)
C: DNA-binding transcriptional dual regulator of siderophore biosynthesis and transport(Fur family)
D: DNA-binding transcriptional dual regulator of siderophore biosynthesis and transport(Fur family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9219
ポリマ－48,6054
非ポリマー3165
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.995, 68.642, 83.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-307-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (25-MER) / feoAB1 operator


分子量: 7646.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (25-MER) / feoAB1 operator


分子量: 7705.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 DNA-binding transcriptional dual regulator of siderophore biosynthesis and transport(Fur family)


分子量: 16626.541 Da / 分子数: 2 / Mutation: C9L, M14V, M16V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
株: MSR-1 v2 / 遺伝子: Fur, MGMSRv2_3137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6F4Q0

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15797 / Num. obs: 15330 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RB2

4rb2


解像度: 2.6→44.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.186 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.798 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26485 786 5.1 %RANDOM
Rwork0.23243 ---
obs0.23411 14488 96.98 %-
all-15330 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.16 Å20 Å24.25 Å2
2--2.28 Å2-0 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 1019 9 15 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0163286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9441.6634665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1835267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27322.523107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14615351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5561527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 62 -
Rwork0.413 920 -
obs--85.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3462-4.7339-3.04152.6592.23072.90340.31221.06580.4545-0.1169-0.3862-0.1282-0.12730.0710.0740.27870.0525-0.01750.2270.05870.2938-15.210712.900219.6028
24.0114-0.8999-2.30780.20350.51451.34190.06830.46580.0204-0.0071-0.0994-0.0235-0.0611-0.20420.03110.2140.03870.00990.65070.0760.266813.49266.894910.8384
30.6162-1.0425-0.38912.1695-1.04117.67920.33530.12380.2898-0.4706-0.2646-0.5251-0.73020.5015-0.07070.2343-0.03830.1410.56060.11420.224934.7676.8867-0.3227
41.02740.4269-1.83150.6277-0.44253.57570.12140.18950.0355-0.0117-0.0087-0.0886-0.1487-0.2211-0.11270.20850.099-0.02860.59870.07010.143630.96625.49591.8808
511.5487-3.6569-1.10766.3968-3.30582.66050.1373-0.3609-0.1322-0.20940.21710.59320.0868-0.039-0.35440.18930.0434-0.07450.6282-0.04220.14819.38023.4479.6511
61.8265-1.08441.85943.5816-0.21972.37350.09430.60510.0492-0.0557-0.36620.2258-0.0740.35640.2720.18130.1417-0.11350.571-0.06460.1675-11.793511.380817.6943
77.5923-0.1355-2.52210.0327-0.35617.48180.29050.870.261-0.0057-0.0646-0.03420.36210.8284-0.22590.21430.0644-0.11450.3287-0.05260.320540.46341.385816.9305
88.6222-1.9282-1.08090.7264-1.14476.65340.00290.07860.34480.2013-0.0295-0.088-0.9394-0.00230.02660.3156-0.0222-0.04020.0169-0.00410.300730.98227.960324.1298
95.6592.08394.06731.3590.22636.37460.12770.6815-0.9760.81950.6205-0.7494-1.2368-1.5035-0.74820.85070.6655-0.55411.4690.26141.088728.987410.870215.5639
106.7655-3.85580.16872.240.45227.6647-0.02510.306-0.39220.0335-0.20850.21460.153-0.82350.23370.1915-0.07470.00410.2039-0.08490.281424.6839-1.082722.8371
110.98930.903-0.84961.8306-0.10071.18740.0345-0.0775-0.05660.1975-0.11670.01870.0650.06410.08220.22920.0083-0.09940.1297-0.01580.349824.47041.239734.8685
124.39524.97950.22448.77880.60123.14070.2565-0.3011-0.38020.6331-0.0397-0.38870.13380.1951-0.21680.20050.0392-0.11970.06260.0140.304721.4298-11.997341.772
130.36880.0278-0.43694.55991.50071.0616-0.0501-0.02620.02-0.16830.104-0.0389-0.04730.0306-0.0540.21810.0272-0.09780.0790.00580.339516.0288-9.565738.2953
143.1907-0.7929-0.56731.7297-1.5642.43150.21260.282-0.48780.0371-0.08520.36980.0829-0.0513-0.12740.24860.0217-0.11890.0422-0.08750.3099-10.7633-3.700627.1711
153.2427-5.9256-0.284213.69574.34265.35970.69330.9547-0.7001-0.729-0.95661.17430.29610.59570.26330.41080.3924-0.42010.7814-0.46960.5052-12.1121-5.569216.0087
164.2349-2.01381.49281.34390.07422.16920.11480.4003-0.048-0.0218-0.0773-0.0081-0.02880.343-0.03740.28960.0067-0.06970.1429-0.04520.2493-4.15292.374526.4975
172.0806-4.416-3.281312.61420.059119.96190.1167-0.0525-0.1682-0.3452-0.47780.2513-0.17551.40230.36110.2067-0.09-0.00850.2854-0.14120.34887.8178-5.783425.0144
185.4573-0.58981.28530.0718-0.30324.41680.35350.3341-0.5884-0.0255-0.03920.08180.16710.1301-0.31430.32410.0413-0.06330.0346-0.01560.33771.2976-7.991934.3225
190.79771.1011.97681.76892.58895.45410.0458-0.0324-0.0541-0.0089-0.05570.12230.20580.08660.00980.2746-0.0007-0.03890.08780.0320.358810.5185-14.605136.4374
200.72580.5454-0.47083.55841.73411.9971-0.0661-0.0509-0.0689-0.05770.01020.0953-0.07160.15740.05580.23580.0042-0.03920.05180.02870.309215.6124-6.210640.626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5B11 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6B15 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8C21 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9C40 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10C60 - 79
11X-RAY DIFFRACTION11C80 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12C100 - 115
13X-RAY DIFFRACTION13C116 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14D2 - 41
15X-RAY DIFFRACTION15D42 - 51
16X-RAY DIFFRACTION16D52 - 69
17X-RAY DIFFRACTION17D70 - 77
18X-RAY DIFFRACTION18D78 - 89
19X-RAY DIFFRACTION19D90 - 111
20X-RAY DIFFRACTION20D112 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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