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- PDB-4rac: Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rac
タイトルAza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphonate group as inhibitors of the human, Plasmodium falciparum and vivax 6-oxopurine phosphoribosyltransferases and their pro-drugs as antimalarial agents
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / 9-[(N-Phosphonoethyl-N-phosphonomethoxyethyl)-2-aminoethyl]guanine / cytoplasmic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process ...Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / IMP metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / lymphocyte proliferation / Purine salvage / GMP salvage / IMP salvage / grooming behavior / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / Azathioprine ADME / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3L4 / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.-H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Aza-acyclic Nucleoside Phosphonates Containing a Second Phosphonate Group As Inhibitors of the Human, Plasmodium falciparum and vivax 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases and Their ...タイトル: Aza-acyclic Nucleoside Phosphonates Containing a Second Phosphonate Group As Inhibitors of the Human, Plasmodium falciparum and vivax 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases and Their Prodrugs As Antimalarial Agents.
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.
履歴
登録2014年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,84815
ポリマ－97,9254
非ポリマー1,92311
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area29350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.823, 114.801, 67.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase


分子量: 24481.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-3L4 / [(2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][(E)-2-phosphonoethenyl]amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid


分子量: 438.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N6O8P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 M sodium/potassium tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→41.44 Å / Num. obs: 48031 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→41.44 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2000 4.17 %
Rwork0.1941 --
obs0.1963 47991 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6363 0 119 222 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1678998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3472520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10040.3558910.32262108X-RAY DIFFRACTION62
2.1004-2.15720.36831330.28523041X-RAY DIFFRACTION89
2.1572-2.22070.35021460.2693364X-RAY DIFFRACTION98
2.2207-2.29230.32861490.26263422X-RAY DIFFRACTION100
2.2923-2.37430.29741470.24263373X-RAY DIFFRACTION100
2.3743-2.46930.27031480.23343420X-RAY DIFFRACTION100
2.4693-2.58170.27111490.22343421X-RAY DIFFRACTION100
2.5817-2.71780.28691500.21683428X-RAY DIFFRACTION100
2.7178-2.8880.29451470.22543402X-RAY DIFFRACTION100
2.888-3.11090.26551490.20763432X-RAY DIFFRACTION100
3.1109-3.42380.25621470.18973390X-RAY DIFFRACTION99
3.4238-3.9190.19851490.16813397X-RAY DIFFRACTION99
3.919-4.93620.20311460.14123381X-RAY DIFFRACTION98
4.9362-41.440.18131490.16033412X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8054-1.06330.84833.81150.46594.1733-0.08560.03960.42360.4917-0.0584-0.6002-0.04510.32110.08480.279-0.0224-0.11380.24630.01420.34582.97228.2904-12.3393
23.42241.35851.01913.5025-1.26373.3139-0.1393-0.18790.11870.16680.07620.4743-0.1469-0.61990.07740.20670.05690.00880.2854-0.05130.2654-19.495127.7229-16.1367
36.96543.9796-0.92588.9993-2.35482.22240.03910.1570.35630.32410.03530.6008-0.2139-0.3498-0.21120.28910.0668-0.0780.3374-0.06980.2675-22.315532.3975-25.63
46.35521.001-0.17353.6496-1.77852.3077-0.31250.45070.5663-0.17970.24270.5153-0.6634-0.63940.0760.45260.148-0.07650.3619-0.05770.3508-20.687242.4032-23.3277
51.7973-0.44160.59933.7617-0.36972.7018-0.08230.1340.21660.0453-0.196-0.2284-0.53170.08560.20170.27930.0002-0.08790.23220.01510.282-5.751336.8754-18.4077
63.7983-0.70051.10364.6479-1.59593.3691-0.3993-0.80380.73220.95870.23920.0319-0.7092-0.23870.13160.64340.0789-0.02520.3742-0.06050.3219-8.912624.04852.7333
72.31950.49430.4746.3652-1.36064.8046-0.06950.1341-0.2556-0.10850.0125-0.55190.25440.26460.06490.25360.01510.02490.22990.0060.2815-0.22296.8907-9.6851
83.3154-1.70152.37564.08890.36112.40330.34520.0322-0.4062-0.20720.0507-0.09310.78820.2208-0.3440.47440.0063-0.0390.27810.06370.3561-0.6643-4.3142-2.848
91.9582-2.80950.0566.2213-1.16621.93660.17120.04630.16310.1891-0.1127-0.6469-0.21120.1051-0.10090.4437-0.0121-0.13370.29480.06210.39685.72171.2362.6523
103.49540.6465-1.80213.0382-0.01153.8690.0899-0.4589-0.07210.993-0.0056-0.1144-0.29060.0036-0.07070.63410.0514-0.0560.35320.01310.2785-5.211814.49597.4964
110.72350.71810.28242.1621-0.7142.35870.05850.1479-0.5962-0.193-0.140.91530.4468-0.7080.13760.3662-0.0064-0.1660.4585-0.12460.7367-30.18958.6134-27.0757
122.52930.69841.23734.0121-1.082.56230.09870.1009-0.2206-0.1929-0.1733-0.28610.24260.05390.07240.2850.05450.00680.2695-0.05040.2251-7.666216.135-30.2368
132.08181.03730.05682.66031.10575.7774-0.3507-0.0403-0.084-0.36080.0935-0.0414-0.5994-0.14620.05350.22880.01690.03840.22450.00570.2432-9.013425.7767-36.1973
148.5298-6.6819-1.15835.23740.87170.3316-0.85090.09070.9626-0.0332-0.07721.3784-0.8675-0.2080.69610.73350.0201-0.14280.4141-0.11670.9276-4.515632.9887-41.4378
155.88040.42280.68133.5125-2.15763.4903-0.11390.2360.1215-0.8087-0.33610.06570.0509-0.17330.46780.5040.1538-0.04180.4375-0.12360.2256-12.94223.429-44.9366
163.04330.084-0.97412.3079-0.11911.1891-0.0450.5751-0.1106-0.6323-0.08980.6741-0.0783-0.27670.12330.41310.0361-0.17760.4559-0.07160.382-23.775216.5033-36.9612
174.73541.61711.25663.4986-0.38520.5532-0.63880.7704-0.3347-0.24220.36390.62610.4118-0.53840.34260.7836-0.1275-0.16160.4832-0.10870.6815-23.9779-5.5761-26.0896
185.3818-0.66811.31473.3313-0.65535.2710.05860.6314-0.852-0.6321-0.2527-0.01091.01210.28640.21170.61960.06480.00440.3503-0.0990.3677-8.1349-3.8955-26.8299
194.317-1.2683-1.89525.21691.47827.9465-0.0204-0.4772-0.5055-0.21890.10421.15920.182-0.5469-0.06050.2727-0.0550.00780.43080.02670.5101-25.58186.2378-12.0855
202.8888-0.05170.30073.40640.51873.923-0.1705-0.3027-0.3210.91880.13810.53340.1545-0.58580.07820.40140.01910.11730.36080.03670.3411-18.99245.0791-3.9354
212.72650.4701-0.07345.8602-0.25285.0260.0539-0.147-0.3490.008-0.00271.3675-0.2472-1.0235-0.06910.49360.03620.07950.70180.09810.5551-19.94896.92091.4187
228.30970.39972.18884.4574-2.81055.27060.367-2.1138-0.25621.58090.71090.73370.0273-1.0715-0.62580.91070.02120.19751.21780.210.8636-19.2229-5.15198.4705
234.156-0.63630.19263.581-0.68963.2702-0.2307-0.9855-0.82140.84460.19041.24241.3153-0.53590.13630.7867-0.1890.21790.6860.1380.8475-25.2689-7.6477-2.0591
243.6735-2.3337-1.56754.33252.5696.1052-0.6691-0.3354-1.29910.57170.23461.79432.00720.01910.5570.993-0.2320.0970.66140.06061.0193-28.6934-10.713-11.3513
253.51770.5876-0.51373.3967-0.77723.9357-0.07230.3378-0.6541-0.48340.00080.43470.9459-0.07460.04430.5505-0.0628-0.00360.2848-0.09660.5712-14.2612-9.8809-16.9557
263.18470.8478-0.82952.12460.59960.750.09530.4262-0.9798-0.2872-0.20210.11411.14710.33210.10030.78410.1191-0.02090.3485-0.11260.6043-6.6667-10.6869-20.7552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 152 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 217 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 37 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 38 through 85 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 86 through 127 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 128 through 165 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 166 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 38 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 88 through 116 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 117 through 127 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 128 through 152 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 153 through 217 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 4 through 17 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 18 through 37 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 38 through 56 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 57 through 86 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 87 through 100 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 101 through 127 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 128 through 165 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 166 through 179 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 180 through 197 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 198 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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