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- PDB-4ra0: An engineered Axl 'decoy receptor' effectively silences the Gas6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ra0
タイトルAn engineered Axl 'decoy receptor' effectively silences the Gas6-Axl signaling axis
要素
  • Growth arrest-specific protein 6
  • Tyrosine-protein kinase receptor UFO
キーワードSIGNALING PROTEIN / Axl / Gas6 / cancer / metastasis
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of renal albumin absorption / cellular response to vitamin K / forebrain cell migration / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / positive regulation of glomerular filtration / ovulation cycle / positive regulation of natural killer cell differentiation / B cell chemotaxis / negative regulation of lymphocyte activation ...negative regulation of oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of renal albumin absorption / cellular response to vitamin K / forebrain cell migration / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / positive regulation of glomerular filtration / ovulation cycle / positive regulation of natural killer cell differentiation / B cell chemotaxis / negative regulation of lymphocyte activation / positive regulation of pinocytosis / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / extracellular matrix assembly / myeloid cell apoptotic process / cellular response to interferon-alpha / neutrophil clearance / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / natural killer cell differentiation / negative regulation of interleukin-1 production / dendritic cell differentiation / secretion by cell / positive regulation of viral life cycle / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of biomineral tissue development / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / fibroblast apoptotic process / apoptotic cell clearance / erythrocyte homeostasis / phosphatidylserine binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / cell-substrate adhesion / negative regulation of interleukin-6 production / vagina development / positive regulation of protein kinase activity / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / positive regulation of TOR signaling / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of protein kinase B activity / phagocytosis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / cell maturation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / viral genome replication / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / positive regulation of protein export from nucleus / protein localization to plasma membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to glucose stimulus / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / calcium ion transmembrane transport / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / platelet activation / Golgi lumen / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron migration / positive regulation of fibroblast proliferation / blood coagulation / cell migration / Platelet degranulation / nervous system development / actin cytoskeleton / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / neuron apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Laminin G domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Laminin G domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain ...: / Laminin G domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Laminin G domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / : / Calcium-binding EGF domain / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Immunoglobulin domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / : / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Tyrosine-protein kinase receptor UFO / Growth arrest-specific protein 6 / Isoform 1 of Growth arrest-specific protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Kariolis, M.S. / Kapur, S. / Mathews, I.I. / Cochran, J.R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: An engineered Axl 'decoy receptor' effectively silences the Gas6-Axl signaling axis.
著者: Kariolis, M.S. / Miao, Y.R. / Jones, D.S. / Kapur, S. / Mathews, I.I. / Giaccia, A.J. / Cochran, J.R.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth arrest-specific protein 6
B: Growth arrest-specific protein 6
C: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
D: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,49313
ポリマ－131,2194
非ポリマー1,2749
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.370, 112.370, 361.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Growth arrest-specific protein 6 / GAS-6 / AXL receptor tyrosine kinase ligand


分子量: 44441.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 322-721 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAS6, AXLLG / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14393-2, UniProt: Q14393*PLUS
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase receptor UFO / AXL oncogene


分子量: 21167.486 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-227 / Mutation: G32S, D87G, V92A, G127R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AXL, UFO / プラスミド: pASK-IBA12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30530, receptor protein-tyrosine kinase

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS STUDY USE ISOFORM 2 (Q14393-2) OF GAS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4 M Li2SO4, 0.1 M Tris.HCl(pH 8.5), 5% Glycerol, 2mM NiSO4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日 / 詳細: Rh coated flat mirror.
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→38.01 Å / Num. all: 50640 / Num. obs: 50592 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.07→3.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 3664 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C5D

2c5d


解像度: 3.07→38.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 32.814 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.539 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24255 2526 5 %RANDOM
Rwork0.20214 ---
obs0.20416 47994 99.92 %-
all-47994 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→38.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8845 0 71 14 8930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.9712455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7283.00219922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7851138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59923.668398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.008151438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0841568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022066
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 182 -
Rwork0.318 3462 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51350.0264-0.39691.08921.22061.8079-0.04260.105-0.0153-0.0269-0.08170.1159-0.0376-0.10240.12430.2868-0.02440.05370.0983-0.02640.025325.5321-35.734111.3561
20.738-0.3645-0.06042.89220.04160.91010.0447-0.0034-0.2152-0.0315-0.19450.13960.0445-0.18390.14980.0285-0.02480.00160.0689-0.04720.111539.5228-61.337167.5805
31.28950.40742.80321.17130.40866.35070.0596-0.1317-0.0710.16820.1463-0.0130.0438-0.3665-0.20590.06510.01150.04330.0496-0.00290.078514.8557-31.585962.1357
40.3986-0.85050.86132.6709-1.43142.2418-0.1298-0.00190.02730.12880.1224-0.3527-0.28680.15920.00730.1801-0.05030.10560.1518-0.00580.160450.2418-21.101436.9759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A281 - 676
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 702
3X-RAY DIFFRACTION2B281 - 675
4X-RAY DIFFRACTION2B701 - 702
5X-RAY DIFFRACTION3C27 - 217
6X-RAY DIFFRACTION4D27 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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