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- PDB-4r9p: An Expansion to the Smad MH2-family: The structure of the N-MH2 e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9p
タイトルAn Expansion to the Smad MH2-family: The structure of the N-MH2 expanded domain
要素RE28239p
キーワードTRANSCRIPTION / MH2-like domain / Beta-sandwich / Smad/FHA family
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of multicellular organismal process / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / cytoplasmic side of apical plasma membrane / trachea morphogenesis / regulation of developmental process / post-embryonic development / apical part of cell / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Expansion, isoform A / RE28239p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.592 Å
データ登録者Beich-Frandsen, M. / Aragon, E. / Llimargas, M. / Benach, J. / Riera, A. / Macias, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the N-terminal domain of the protein Expansion: an 'Expansion' to the Smad MH2
著者: Beich-Frandsen, M. / Aragon, E. / Llimargas, M. / Benach, J. / Riera, A. / Pous, J. / Macias, M.J.
履歴
登録2014年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE28239p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9971
ポリマ－27,9971
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.84, 45.67, 54.19
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RE28239p / Expansion N-MH2


分子量: 27997.189 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal MH2-like domain, UNP residues 1-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG13188 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q7YU38, UniProt: A1Z8R1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 12% v/v 1,2-Propanediol, 9% w/v PEG 20000, 0.1M Glycine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月18日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→31.27 Å / Num. all: 24247 / Num. obs: 23152 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.89 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1701)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.592→31.267 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1978 1987 8.59 %Random
Rwork0.1765 ---
obs0.1783 23144 95.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.592→31.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1693 0 0 75 1768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4622406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.677711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.592-1.63130.3227920.3469947X-RAY DIFFRACTION61
1.6313-1.67540.35861200.32041327X-RAY DIFFRACTION84
1.6754-1.72470.33331420.30191478X-RAY DIFFRACTION94
1.7247-1.78040.29691460.26021563X-RAY DIFFRACTION100
1.7804-1.8440.23161520.23681581X-RAY DIFFRACTION100
1.844-1.91780.27091470.20321566X-RAY DIFFRACTION100
1.9178-2.00510.20681360.19861580X-RAY DIFFRACTION100
2.0051-2.11080.21051510.17091567X-RAY DIFFRACTION100
2.1108-2.2430.24071490.17251579X-RAY DIFFRACTION100
2.243-2.41610.221520.17781576X-RAY DIFFRACTION100
2.4161-2.65910.20951420.1771593X-RAY DIFFRACTION100
2.6591-3.04360.18071480.17131590X-RAY DIFFRACTION100
3.0436-3.83360.18041550.15311576X-RAY DIFFRACTION100
3.8336-31.27320.1531550.15531634X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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