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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r9l | ||||||
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タイトル | Structure of a thermostable elevenfold mutant of limonene epoxide hydrolase from Rhodococcus erythropolis, containing two stabilizing disulfide bonds | ||||||
要素 | Limonene-1,2-epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / limonene epoxide hydrolase / NTF-2 fold / engineered / thermostable | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus erythropolis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Floor, R.J. / Wijma, H.J. / Jekel, P.A. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2015 タイトル: X-ray crystallographic validation of structure predictions used in computational design for protein stabilization. 著者: Floor, R.J. / Wijma, H.J. / Jekel, P.A. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r9l.cif.gz | 109 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r9l.ent.gz | 83.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4r9l_validation.pdf.gz | 471.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4r9l_full_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4r9l_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4r9l_validation.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19508.176 Da / 分子数: 3 変異: I5C, S15P, A19K, T76K, E84C, T85V, G89C, S91C, N92K, Y96F, E124D 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: limA / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1.44 M tri-sodium citrate, 50 mM sodium tartrate dihydrate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.999 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→44.25 Å / Num. obs: 45204 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NWW 解像度: 1.8→44.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.805 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.115 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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