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- PDB-4r9l: Structure of a thermostable elevenfold mutant of limonene epoxide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9l
タイトルStructure of a thermostable elevenfold mutant of limonene epoxide hydrolase from Rhodococcus erythropolis, containing two stabilizing disulfide bonds
要素Limonene-1,2-epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / limonene epoxide hydrolase / NTF-2 fold / engineered / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-hydroxyhexanamide / Limonene-1,2-epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Floor, R.J. / Wijma, H.J. / Jekel, P.A. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: X-ray crystallographic validation of structure predictions used in computational design for protein stabilization.
著者: Floor, R.J. / Wijma, H.J. / Jekel, P.A. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9186
ポリマ－58,5253
非ポリマー3943
水3,765209
1
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2794
ポリマ－39,0162
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
2
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子

C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2794
ポリマ－39,0162
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
Buried area2890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.688, 87.688, 108.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-330-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量: 19508.176 Da / 分子数: 3
変異: I5C, S15P, A19K, T76K, E84C, T85V, G89C, S91C, N92K, Y96F, E124D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: limA / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-HYH / (2R)-2-hydroxyhexanamide


分子量: 131.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1.44 M tri-sodium citrate, 50 mM sodium tartrate dihydrate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.25 Å / Num. obs: 45204 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.93.60.512.365520.31399.9
5.69-44.253.30.03422.815610.0299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
tvxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NWW

1nww


解像度: 1.8→44.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.805 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20677 2279 5 %RANDOM
Rwork0.16037 ---
obs0.16266 42884 99.44 %-
all-42884 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3603 0 27 209 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.023733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0191.9865060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9213.0028242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7275.043469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93924.512164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32715640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2161521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6542.4831847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6372.4791846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.773.6972306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.783.6982307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8892.9251885
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8882.9251886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1444.182750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60620.1714255
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.59820.0474202
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 182 -
Rwork0.258 3142 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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