PDB-4r8k: Crystal structure of the guinea pig L-asparaginase 1 catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r8k

タイトル

Crystal structure of the guinea pig L-asparaginase 1 catalytic domain

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate family amino acid metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schalk, A.M. / Lavie, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Identification and Structural Analysis of an l-Asparaginase Enzyme from Guinea Pig with Putative Tumor Cell Killing Properties.
著者: Schalk, A.M. / Nguyen, H.A. / Rigouin, C. / Lavie, A.

履歴

登録	2014年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r8k.cif.gz	552.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r8k.ent.gz	455.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r8k_validation.pdf.gz	516.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r8k_full_validation.pdf.gz	545.9 KB	表示
XML形式データ	4r8k_validation.xml.gz	104.9 KB	表示
CIF形式データ	4r8k_validation.cif.gz	145.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r8lC 2himS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dne-d 5dnc-d 5dnd-d 4r8l-d 1foh-2 2dtu-4 4hny-2 5h01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

338 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.550, 123.310, 120.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PRO	PRO	A	A	7 - 361	30 - 384
2	1	SER	SER	PRO	PRO	B	B	7 - 361	30 - 384
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	2	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383
1	4	SER	SER	PRO	PRO	A	A	7 - 361	30 - 384
2	4	SER	SER	PRO	PRO	E	E	7 - 361	30 - 384
1	5	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	5	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	8 - 360	31 - 383
1	6	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	6	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	8 - 360	31 - 383
1	7	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	7	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	8 - 360	31 - 383
1	8	GLU	GLU	THR	THR	B	B	8 - 362	31 - 385
2	8	GLU	GLU	THR	THR	C	C	8 - 362	31 - 385
1	9	GLU	GLU	THR	THR	B	B	8 - 362	31 - 385
2	9	GLU	GLU	THR	THR	D	D	8 - 362	31 - 385
1	10	SER	SER	PRO	PRO	B	B	7 - 361	30 - 384
2	10	SER	SER	PRO	PRO	E	E	7 - 361	30 - 384
1	11	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	8 - 361	31 - 384
2	11	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	8 - 361	31 - 384
1	12	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	8 - 361	31 - 384
2	12	GLU	GLU	PRO	PRO	G	G	8 - 361	31 - 384
1	13	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	8 - 361	31 - 384
2	13	GLU	GLU	PRO	PRO	H	H	8 - 361	31 - 384
1	14	GLU	GLU	THR	THR	C	C	8 - 362	31 - 385
2	14	GLU	GLU	THR	THR	D	D	8 - 362	31 - 385
1	15	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	8 - 361	31 - 384
2	15	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	8 - 361	31 - 384
1	16	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
2	16	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	8 - 360	31 - 383
1	17	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
2	17	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	8 - 360	31 - 383
1	18	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
2	18	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	8 - 360	31 - 383
1	19	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	8 - 361	31 - 384
2	19	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	8 - 361	31 - 384
1	20	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383
2	20	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	8 - 360	31 - 383
1	21	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383
2	21	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	8 - 360	31 - 383
1	22	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383
2	22	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	8 - 360	31 - 383
1	23	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	8 - 361	31 - 384
2	23	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	8 - 361	31 - 384
1	24	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	8 - 361	31 - 384
2	24	GLU	GLU	PRO	PRO	G	G	8 - 361	31 - 384
1	25	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	8 - 361	31 - 384
2	25	GLU	GLU	PRO	PRO	H	H	8 - 361	31 - 384
1	26	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	8 - 361	31 - 384
2	26	GLU	GLU	PRO	PRO	G	G	8 - 361	31 - 384
1	27	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	8 - 361	31 - 384
2	27	GLU	GLU	PRO	PRO	H	H	8 - 361	31 - 384
1	28	GLU	GLU	PRO	PRO	G	G	8 - 361	31 - 384
2	28	GLU	GLU	PRO	PRO	H	H	8 - 361	31 - 384

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / L-Asparaginase 1 分子量: 41977.418 Da / 分子数: 8 / 断片: catalytic domain (UNP residues 1-362) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: ASPG / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) C41 / 参照: UniProt: H0W0T5, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE SET UP WITH N-TERMINAL HIS-TAGGED FULL ...AUTHORS STATE THAT THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE SET UP WITH N-TERMINAL HIS-TAGGED FULL LENGTH (1-565) PROTEIN. HOWEVER, UPON SOLVING THE STRUCTURE IT BECAME CLEAR THAT THE C-TERMINAL DOMAIN HAD BEEN CLEAVED OFF IN THE DROP, LEAVING ONLY THE ASPARAGINASE CATALYTIC DOMAIN. SINCE THE EXACT LOCATION OF THE CLEAVAGE SITE IS UNKNOWN, THE SEQRES RECORDS IN THE PDB FILE ONLY INCLUDE THE 23-RESIDUE HIS TAG AND UNIPROT SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1 THROUGH 362.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 15% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→120.46 Å / Num. obs: 146207 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2HIM

2him

解像度: 2.2→29.617 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 8.835 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	7281	5 %	RANDOM
R_work	0.20694	-	-	-
obs	0.20849	138245	99.18 %	-
all	-	145526	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.191 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21650	0	120	892	22662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	22250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	22029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.992	30244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.065	3	50699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.823	5	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.902	23.725	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.983	15	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.817	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	24676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.779	3.532	11304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.778	3.532	11303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.571	5.289	14114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.892	5.241	14096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.029	3.908	10946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.574	3.934	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.836	5.739	16143
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.94	35.729	17659
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.936	35.798	17404
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	22040	0.05
1	2	B	22040	0.05
2	1	A	22516	0.05
2	2	C	22516	0.05
3	1	A	22458	0.05
3	2	D	22458	0.05
4	1	A	22285	0.05
4	2	E	22285	0.05
5	1	A	22580	0.04
5	2	F	22580	0.04
6	1	A	22544	0.04
6	2	G	22544	0.04
7	1	A	22581	0.04
7	2	H	22581	0.04
8	1	B	22051	0.05
8	2	C	22051	0.05
9	1	B	22204	0.04
9	2	D	22204	0.04
10	1	B	22117	0.05
10	2	E	22117	0.05
11	1	B	22177	0.04
11	2	F	22177	0.04
12	1	B	22180	0.04
12	2	G	22180	0.04
13	1	B	22056	0.05
13	2	H	22056	0.05
14	1	C	22549	0.05
14	2	D	22549	0.05
15	1	C	22226	0.06
15	2	E	22226	0.06
16	1	C	22607	0.05
16	2	F	22607	0.05
17	1	C	22564	0.05
17	2	G	22564	0.05
18	1	C	22588	0.05
18	2	H	22588	0.05
19	1	D	22346	0.05
19	2	E	22346	0.05
20	1	D	22559	0.04
20	2	F	22559	0.04
21	1	D	22652	0.04
21	2	G	22652	0.04
22	1	D	22474	0.05
22	2	H	22474	0.05
23	1	E	22357	0.05
23	2	F	22357	0.05
24	1	E	22318	0.05
24	2	G	22318	0.05
25	1	E	22246	0.05
25	2	H	22246	0.05
26	1	F	22756	0.03
26	2	G	22756	0.03
27	1	F	22722	0.04
27	2	H	22722	0.04
28	1	G	22689	0.04
28	2	H	22689	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.253 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	504	-
R_work	0.341	9854	-
obs	-	-	95.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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