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- PDB-4r8j: d(TCGGCGCCGA) with lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ soaked in D2O -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8j
タイトルd(TCGGCGCCGA) with lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ soaked in D2O
要素DNA (5'-D(*(THM)P*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードDNA / DNA kinking / Infra-red / Ruthenium
機能・相同性: / DEUTERATED WATER / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Hall, J.P. / Gurung, S.P. / Winter, G.W. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2015
タイトル: Monitoring one-electron photo-oxidation of guanine in DNA crystals using ultrafast infrared spectroscopy.
著者: Hall, J.P. / Poynton, F.E. / Keane, P.M. / Gurung, S.P. / Brazier, J.A. / Cardin, D.J. / Winter, G. / Gunnlaugsson, T. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M. / Quinn, S.J.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*(THM)P*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8874
ポリマ－2,9661
非ポリマー9213
水1,31573
1
A: DNA (5'-D(*(THM)P*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*(THM)P*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7738
ポリマ－5,9322
非ポリマー1,8416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.370, 42.370, 39.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*(THM)P*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 2966.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA was synthesised by ATDBio in Southampton, UK / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-RKL / Ru(tap)2(dppz) complex


分子量: 747.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H22N12Ru
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6
詳細: The drops contained 1 l of 2mM oligonuclotide, 1 l of 4mM rac [Ru(TAP)2(dppz)]Cl2 and 6 l of the following solution; 10% (vol/vol) MPD, 40 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 12mM spermine tetra- ...詳細: The drops contained 1 l of 2mM oligonuclotide, 1 l of 4mM rac [Ru(TAP)2(dppz)]Cl2 and 6 l of the following solution; 10% (vol/vol) MPD, 40 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 12mM spermine tetra-HCl, 80mM sodium chloride and 20 mM barium chloride. The drop was equilibrated against 1ml of 35% (vol/vol) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) in H2O , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8266
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月14日
放射モノクロメーター: DUAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→18.66 Å / Num. obs: 11471 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHELXCD位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.21→18.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 1.042 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.125 568 5 %RANDOM
Rwork0.109 ---
obs0.11 10864 99.9 %-
all-11471 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→18.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 53 73 328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.013290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5921.598456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7533308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0320.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5142.002290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.518.549291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.40834.236457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.38322.245685
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.06521.665649
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.6693290
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.452514
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.0995315
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.24 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 49 -
Rwork0.212 765 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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