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- PDB-4r89: Crystal structure of paFAN1 - 5' flap DNA complex with Manganase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r89
タイトルCrystal structure of paFAN1 - 5' flap DNA complex with Manganase
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードHydrolase/DNA / DNA binding / metal binding nuclease / 5'flap DNA endo nuclease / fanconi anemia proteins family / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / phosphodiesterase I activity / 5'-3' exonuclease activity / interstrand cross-link repair / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Fanconi-associated nuclease 1, SAP domain / Fanconi anemia-associated nuclease SAP domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.002 Å
データ登録者Cho, Y. / Gwon, G.H. / Kim, Y.R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a Fanconi anemia-associated nuclease homolog bound to 5' flap DNA: basis of interstrand cross-link repair by FAN1
著者: Gwon, G.H. / Kim, Y.R. / Liu, Y. / Watson, A.T. / Jo, A. / Etheridge, T.J. / Yuan, F. / Zhang, Y. / Kim, Y.C. / Carr, A.M. / Cho, Y.
履歴
登録2014年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
E: Uncharacterized protein
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,14012
ポリマ－157,9208
非ポリマー2204
水00
1
A: Uncharacterized protein
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0706
ポリマ－78,9604
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34100 Å2
手法PISA
2
E: Uncharacterized protein
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0706
ポリマ－78,9604
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.115, 106.944, 107.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 17:553 ) AND (NOT ELEMENT H)
211CHAIN E AND (RESSEQ 17:553 ) AND (NOT ELEMENT H)
112CHAIN D AND (RESSEQ 1:22 ) AND (NOT ELEMENT H)
212CHAIN H AND (RESSEQ 1:22 ) AND (NOT ELEMENT H)
113CHAIN B AND (RESSEQ -2:12 ) AND (NOT ELEMENT H)
213CHAIN F AND (RESSEQ -2:12 ) AND (NOT ELEMENT H)
114CHAIN C AND (RESSEQ 1:10 ) AND (NOT ELEMENT H)
214CHAIN G AND (RESSEQ 1:10 ) AND (NOT ELEMENT H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Nuclease


分子量: 64610.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2N0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4506.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3131.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 6711.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日
放射モノクロメーター: Si 4-crystal channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 15502 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 157.59 Å2
反射 シェル最高解像度: 4 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.002→44.644 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 771 4.99 %
Rwork0.2238 --
obs0.2265 15461 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 353.75 Å2 / Biso mean: 150.4014 Å2 / Biso min: 14.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.002→44.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8750 1922 4 0 10676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9115464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7244286
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4375X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
12E4375X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
21D448X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
22H448X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
31B302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
32F302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
41C211X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
42G211X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.0015-4.25210.32441370.3062301243894
4.2521-4.58010.36231380.270624392577100
4.5801-5.04040.30971300.264824792609100
5.0404-5.76840.30891150.267324772592100
5.7684-7.26260.36071180.262324952613100
7.2626-44.64710.20731330.16212499263299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.098-0.9235-0.19693.5461.4032.00870.29620.25380.21610.3450.0995-1.008-0.70330.6897-0.18691.4681-0.319-0.10161.3059-0.19351.5538213.8758-76.6986129.5889
2-0.90131.1486-0.61022.78730.18085.18490.1675-0.24060.3194-0.00380.073-0.07660.02720.574-0.00431.328-0.00150.14550.9812-0.07981.0311189.5432-91.4287152.4955
31.76451.0432-0.15755.4836-2.24743.9230.3169-0.2395-0.0273-0.74920.1320.3281-0.0088-0.7076-0.21830.74490.2317-0.06061.1311-0.11950.8761172.9794-86.6985128.7026
44.3044-2.63840.27169.1703-7.15146.03311.09510.21470.8031-0.0549-1.8593-2.61060.35941.80391.45621.96470.02460.10371.4831-0.0411.858188.8773-99.764138.4226
51.5783-3.6807-2.6598.12655.76663.941-2.07180.4112-1.1570.28881.14091.13591.24530.05560.96882.2905-0.2130.73731.0846-0.14292.4391209.9875-95.55119.165
63.33412.47082.15483.2454-1.86369.59850.63352.2083-1.2715-0.00041.0148-0.22182.005-0.1189-0.26961.1893-0.0677-0.07261.1797-0.30951.6641177.0726-112.5687144.1288
72.55033.7111-0.90777.6816-4.1373.9152-0.8711.16912.4035-2.62410.4542-1.96821.99490.4486-0.49541.66870.17560.61851.78870.47012.0439192.8303-103.134139.3054
81.93980.21413.80251.08241.82498.72461.04341.25710.0108-1.0521-0.64544.3063-2.20680.7662-1.28111.6258-0.17430.34841.09050.03742.8527205.6274-92.1696119.5199
91.4112-0.8805-0.18812.8341-1.62313.21740.47470.2787-0.2470.38550.09181.01360.5182-0.83880.17861.501-0.27650.00081.21990.17771.6448151.7205-96.766975.846
10-0.47130.5630.85551.94290.05545.9618-0.0199-0.2045-0.0713-0.24940.22540.61550.1493-0.43590.13591.18790.0059-0.09191.03270.05931.0499176.1037-82.046298.7054
111.49570.11650.41265.32032.91573.94990.1609-0.2318-0.1344-0.4360.197-0.29670.0560.6730.21550.73550.26410.04970.980.13870.789192.6241-86.80374.8877
123.2225-3.3982-0.18068.18515.69155.60850.6691-0.0211-0.406-1.1993-2.04683.4771-0.1204-1.4983-0.49791.8435-0.0728-0.1561.55950.08831.8033176.7549-73.695384.6133
132.1148-3.96092.37627.0762-4.16062.361-1.22410.35981.07721.1670.65750.0385-0.74550.3536-0.51231.9606-0.2333-0.64541.13570.10592.5579155.7342-77.90265.2989
143.70544.0877-1.6868.12430.582.38341.16631.57212.18950.39790.29010.8228-1.59460.70160.68160.9522-0.02130.09871.36010.36091.5664188.5163-60.912390.3769
157.01146.01125.46325.12574.61314.157-0.96230.8441-1.2152-2.68220.45122.7823-0.4853-0.0467-2.41531.76340.3526-0.80861.9365-0.34781.8332172.768-70.350585.5323
163.71421.7314-2.48891.0229-0.50829.05770.43560.06180.3168-0.29130.0314-4.08031.803-0.78130.16221.5178-0.1074-0.43840.94120.07332.377159.9923-81.302865.7259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 17 THROUGH 214 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 215 THROUGH 357 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 358 THROUGH 553 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID -2 THROUGH 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 10 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 5 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND (RESID 6 THROUGH 10 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 11 THROUGH 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN E AND (RESID 17 THROUGH 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND (RESID 215 THROUGH 357 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND (RESID 358 THROUGH 553 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN F AND (RESID -2 THROUGH 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN G AND (RESID 1 THROUGH 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 5 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN H AND (RESID 6 THROUGH 10 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN H AND (RESID 11 THROUGH 22 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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