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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r80 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a De Novo Designed Beta Sheet Protein, Cystatin Fold, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR486 | ||||||
要素 | OR486 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Target OR486 / protein engineering / denovo beta sheet design / Cystatin Fold | ||||||
機能・相同性 | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #630 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å | ||||||
データ登録者 | Guan, R. / Marcos, E. / O'Connell, P. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Baker, D. ...Guan, R. / Marcos, E. / O'Connell, P. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of an engineered protein with denovo beta sheet design, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR486 著者: Guan, R. / Marcos, E. / O'Connell, P. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r80.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r80.ent.gz | 30.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4r80_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4r80_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4r80_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4r80_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r80 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological molecule is unknown |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9897.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), 10mg/ml. Reservoir solution:0.1 M NaH2PO4, 0.1 M Na Acetate, pH 5.5, 28% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97916 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.445→41.671 Å / Num. all: 5311 / Num. obs: 5311 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 33.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / % possible all: 42.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.445→33.818 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.43 Å2 / Biso mean: 27.676 Å2 / Biso min: 6.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.445→33.818 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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