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万見
- PDB-4r7g: Determination of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7g
タイトルDetermination of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase ammonia pathway by combining 3D-RISM theory with experiment
要素Phosphoribosylformylglycinamidine synthase
キーワードLIGASE / Gene duplication / Amidotransferase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase PurL / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, N-terminal / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase N-terminal / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase linker domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / PurM-like, C-terminal domain ...Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase PurL / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, N-terminal / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase N-terminal / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase linker domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tanwar, A.S. / Sindhikara, D.J. / Hirata, F. / Anand, R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Determination of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase ammonia pathway by combining 3D-RISM theory with experiment.
著者: Tanwar, A.S. / Sindhikara, D.J. / Hirata, F. / Anand, R.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,65711
ポリマ－142,5801
非ポリマー1,07610
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.570, 146.570, 141.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase / FGAM synthase / FGAMS / Formylglycinamide ribotide amidotransferase / FGARAT / Formylglycinamide ...FGAM synthase / FGAMS / Formylglycinamide ribotide amidotransferase / FGARAT / Formylglycinamide ribotide synthetase


分子量: 142580.438 Da / 分子数: 1 / 変異: V333I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: purL, STM2565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74881, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 % / Mosaicity: 0.551 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 46347 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Χ2: 1.285 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.755.10.58623471.21299.2
2.75-2.850.51923021.21499.2
2.8-2.855.10.48523461.18499.1
2.85-2.915.10.42623541.17299.3
2.91-2.975.10.423151.16999.1
2.97-3.045.10.34123381.14399.2
3.04-3.125.20.30623271.1598.9
3.12-3.25.20.26123101.09298.6
3.2-3.295.20.24123251.09698.5
3.29-3.45.30.20823271.04298.8
3.4-3.525.20.18723181.1398.4
3.52-3.665.10.20923271.43298.5
3.66-3.835.20.17623131.54698
3.83-4.035.30.12923041.25998.1
4.03-4.285.30.1223081.30197.8
4.28-4.615.40.10723111.48797.6
4.61-5.075.40.10523031.44896.9
5.07-5.85.40.1122951.36396.8
5.8-7.35.40.10522841.3196
7.3-305.40.07622931.9194.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1T3t

1t3t


解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.237 3537 random
Rwork0.179 --
all-35235 -
obs-31698 -
原子変位パラメータBiso max: 0.64 Å2 / Biso mean: 28.45 Å2 / Biso min: 0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9902 0 60 220 10182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
LS精密化 シェル最高解像度: 2.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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