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- PDB-4r7c: Crystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7c
タイトルCrystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with DiMethylammonium
要素Potassium channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALPHA-HELICAL membrane protein / NaK-chimera channel in complex with DiMA+
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLAMINE / GLYCINE / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者De March, M. / Napolitano, L.M.R. / Onesti, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: A structural, functional, and computational analysis suggests pore flexibility as the base for the poor selectivity of CNG channels.
著者: Napolitano, L.M. / Bisha, I. / De March, M. / Marchesi, A. / Arcangeletti, M. / Demitri, N. / Mazzolini, M. / Rodriguez, A. / Magistrato, A. / Onesti, S. / Laio, A. / Torre, V.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
C: Potassium channel protein
D: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,87467
ポリマ－42,5064
非ポリマー4,36863
水1,24369
1
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,00582
ポリマ－42,5064
非ポリマー5,49978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area7400 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
C: Potassium channel protein
D: Potassium channel protein
ヘテロ分子

C: Potassium channel protein
D: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,74252
ポリマ－42,5064
非ポリマー3,23648
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area6450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.891, 67.680, 67.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

DMN

21C-201-

DMN

31B-301-

HOH

41B-303-

HOH

51B-305-

HOH

61C-304-

HOH

71C-306-

HOH

81C-307-

HOH

91C-325-

HOH

101C-326-

HOH

詳細The biological tetramer is assembled by a crystallographic 2-fold axis which relates two dimers together. The pore of the tetrameric channel is coincident with the 2-fold crystallographic axis.

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要素

#1: タンパク質
Potassium channel protein


分子量: 10626.555 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 20-110 / 変異: D66E, G67T, N68P, F69P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_0669 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q81HW2
#2: 化合物...
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物...
ChemComp-DMN / DIMETHYLAMINE / ジメチルアミン


分子量: 45.084 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化pH: 6.5
詳細: CNG-ETPP(DiMA+) cocrystals grown in 40-44% MPD, 100mM MES pH6.5 and 20-25 mM Glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月6日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.84 Å / Num. obs: 18763 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.3→47.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ElettraXRD1 softwareデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K0D

3k0d


解像度: 2.3→47.84 Å / σ(F): 2.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 884 RANDOM
Rwork0.207 --
obs0.266 17682 -
all-17816 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 292 69 3021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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