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- PDB-4r7a: Crystal Structure of RBBP4 bound to PHF6 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7a
タイトルCrystal Structure of RBBP4 bound to PHF6 peptide
要素
  • Histone-binding protein RBBP4
  • PHD finger protein 6
キーワードGENE REGULATION / WD40 repeat domain / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation ...CAF-1 complex / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / blastocyst hatching / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / ATPase complex / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / G0 and Early G1 / ribonucleoprotein complex binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / tubulin binding / negative regulation of cell migration / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / phosphoprotein binding / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / kinetochore / PKMTs methylate histone lysines / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / nucleosome assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / scaffold protein binding / histone binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / DNA replication / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / PHD-like zinc-binding domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...: / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / PHD-like zinc-binding domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / PHD finger protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, Z. / Li, F. / Zhang, B. / Li, S. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Plant Homeodomain Finger 6 (PHF6) Recognition by the Retinoblastoma Binding Protein 4 (RBBP4) Component of the Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) Complex
著者: Liu, Z. / Li, F. / Zhang, B. / Li, S. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 6
B: Histone-binding protein RBBP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6103
ポリマ－49,5182
非ポリマー921
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.630, 87.550, 95.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PHD finger protein 6 / PHD-like zinc finger protein


分子量: 1808.204 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 157-171 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWS0
#2: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I 48 kDa subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M potassium thiocyanate,30% PEGMME2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.77 Å / Num. obs: 35775 / % possible obs: 96.21 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / % possible all: 96.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GFC

3gfc


解像度: 1.85→43.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.671 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 1784 5 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1779 33938 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.15 Å2 / Biso mean: 18.793 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2971 0 6 267 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.9314163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69436517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1985371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66324.571140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79215497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5491513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.8151496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9481.8141495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6622.7061863
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 137 -
Rwork0.229 2307 -
all-2444 -
obs--90.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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