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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r5h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sp-Aspartate-Semialdehyde-Dehydrogenase with Nicotinamide-Adenine-Dinucleotide-Phosphate and 3-carboxy-propenyl-phthalic acid | ||||||
![]() | Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pavlovsky, A.G. / Thangavelu, B. / Bhansali, P. / Viola, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A cautionary tale of structure-guided inhibitor development against an essential enzyme in the aspartate-biosynthetic pathway. 著者: Pavlovsky, A.G. / Thangavelu, B. / Bhansali, P. / Viola, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40038.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NADP 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: SP23-BS72 / 遺伝子: asd, CGSSp23BS72_03388 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A5MTN0, aspartate-semialdehyde dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 579分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/3JN.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/3JN.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-3JN / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-22% PEG 3350, 0.1 M Na acetate, 0.1 M MES (pH6.5), 10 mM TCEP, 3% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月27日 / 詳細: double crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 67177 / Num. obs: 63953 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4R3N 解像度: 1.8→63.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.13 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.702 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→63.5 Å
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拘束条件 |
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