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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r4x | ||||||
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タイトル | Structure of PNGF-II in C2 space group | ||||||
要素 | PNGF-II | ||||||
キーワード | HYDROLASE / N-glycanase (PNGase) / PNGase F / Deglycosylation / N-glycoproteins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, G. / Yu, X. / Celimuge / Wang, L. / Li, M. / Gan, J. / Qu, D. / Ma, J. / Chen, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Identification and Characterization of a Novel Prokaryotic Peptide: N-glycosidase from Elizabethkingia meningoseptica 著者: Sun, G. / Yu, X. / Celimuge / Wang, L. / Li, M. / Gan, J. / Qu, D. / Ma, J. / Chen, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r4x.cif.gz | 130.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r4x.ent.gz | 100.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4r4x_validation.pdf.gz | 428.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4r4x_full_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4r4x_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4r4x_validation.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/4r4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/4r4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61527.168 Da / 分子数: 1 / 断片: PNGF-II / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) 株: FMS-007 / 遺伝子: CP006576 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: A0A090KI56*PLUS, DNA-directed DNA polymerase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG4000, 0.01M MgCl2, 0.2M KCl, 0.05M sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 196 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 48606 / Num. obs: 47585 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique all: 4804 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 86.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KS7 解像度: 1.9→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.634 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.085 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.97 Å
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拘束条件 |
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