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万見
- PDB-4r4u: Crystal structure of acyl-CoA thioesterase tesB from Yersinia pes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r4u
タイトルCrystal structure of acyl-CoA thioesterase tesB from Yersinia pestis in complex with coenzyme A
要素Acyl-CoA thioesterase II
キーワードHYDROLASE / Double-HotDog / 4HBT-like / thioesterase / acyl-CoA thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA thioesterase / Acyl-CoA thioesterase II domain / Acyl-CoA thioesterase / Acyl-CoA thioesterase, double hotdog domain / Acyl-CoA thioesterase, double hotdog domain / : / Acyl-CoA thioesterase N-terminal domain / Porin / HotDog domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / MALONIC ACID / Acyl-CoA thioesterase II
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Swarbrick, C.M.D. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional characterization of TesB from Yersinia pestis reveals a unique octameric arrangement of hotdog domains.
著者: Swarbrick, C.M. / Perugini, M.A. / Cowieson, N. / Forwood, J.K.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA thioesterase II
D: Acyl-CoA thioesterase II
C: Acyl-CoA thioesterase II
B: Acyl-CoA thioesterase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7819
ポリマ－131,0964
非ポリマー1,6855
水7,458414
1
A: Acyl-CoA thioesterase II
B: Acyl-CoA thioesterase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3394
ポリマ－65,5482
非ポリマー7912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Acyl-CoA thioesterase II
C: Acyl-CoA thioesterase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4435
ポリマ－65,5482
非ポリマー8953
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.976, 171.369, 73.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acyl-CoA thioesterase II


分子量: 32773.996 Da / 分子数: 4 / 断片: TesB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM 10 / 遺伝子: tesB, y1043, YPO3141, YP_0790 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q8D151
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG 3350, 200 mM sodium malonate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.91 Å / Num. obs: 60243 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4QFW

4qfw


解像度: 2.2→85.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.667 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26592 2995 5 %RANDOM
Rwork0.20137 ---
obs0.20454 57177 99.93 %-
all-60167 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→85.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8607 0 105 414 9126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.96212116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791319026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65351067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6823.589457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84151429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7531571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8143.514301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8143.5094300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1375.2455357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2193.9044649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 214 -
Rwork0.295 4208 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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