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万見
- PDB-4r3p: Crystal structures of EGFR in complex with Mig6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r3p
タイトルCrystal structures of EGFR in complex with Mig6
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • peptide from ERBB receptor feedback inhibitor 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Mig6 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / lung epithelium development / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of keratinocyte differentiation / chondrocyte proliferation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / bile acid biosynthetic process ...response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / lung epithelium development / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of keratinocyte differentiation / chondrocyte proliferation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / bile acid biosynthetic process / skin morphogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue homeostasis / cartilage development / fat pad development / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / epithelial cell proliferation / embryo implantation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cholesterol metabolic process / GTPase activator activity / liver development / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to progesterone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / response to insulin / aerobic respiration / glucose metabolic process / cell migration / response to estradiol / gene expression / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / apoptotic process / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / ERBB receptor feedback inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.905 Å
データ登録者Park, E. / Kim, N. / Yi, Z. / Cho, A. / Kim, K. / Ficarro, S.B. / Park, A. / Park, W.Y. / Murray, B. / Meyerson, M. ...Park, E. / Kim, N. / Yi, Z. / Cho, A. / Kim, K. / Ficarro, S.B. / Park, A. / Park, W.Y. / Murray, B. / Meyerson, M. / Beroukim, R. / Marto, J.A. / Cho, J. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of activity-based inhibition of the EGF receptor by Mig6.
著者: Park, E. / Kim, N. / Ficarro, S.B. / Zhang, Y. / Lee, B.I. / Cho, A. / Kim, K. / Park, A.K. / Park, W.Y. / Murray, B. / Meyerson, M. / Beroukhim, R. / Marto, J.A. / Cho, J. / Eck, M.J.
履歴
登録2014年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: peptide from ERBB receptor feedback inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9252
ポリマ－37,9252
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.828, 143.828, 143.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1140-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 36937.742 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 696-1018) / 変異: L858R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド peptide from ERBB receptor feedback inhibitor 1 / Mitogen-inducible gene 6 protein / MIG-6


分子量: 987.023 Da / 分子数: 1 / 断片: segment 2 (UNP residues 392-398) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJM3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% PEG400, 0.15M Sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.482 Å / Num. all: 11018 / Num. obs: 11009 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 7 / Biso Wilson estimate: 85.7 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.9046-3.03671100
3.0367-3.19681100
3.1968-3.65921100
3.6592-4.02731100
4.0273-4.6095199
4.6095-45.488197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.905→45.482 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1097 9.96 %
Rwork0.2078 --
obs0.211 11009 99.23 %
all-11018 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.905→45.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2505 0 0 54 2559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8843470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.369951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9046-3.03670.36821380.3211253X-RAY DIFFRACTION100
3.0367-3.19680.37631340.29971214X-RAY DIFFRACTION100
3.1968-3.3970.31621340.25581236X-RAY DIFFRACTION100
3.397-3.65920.25641370.24291238X-RAY DIFFRACTION100
3.6592-4.02730.24411370.19491221X-RAY DIFFRACTION100
4.0273-4.60950.20071360.18081257X-RAY DIFFRACTION99
4.6095-5.80560.22471350.19451243X-RAY DIFFRACTION99
5.8056-45.4880.21031460.18561250X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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